PathView

doi：10.18129/b9.bioc.pathview

这是发展PathView的版本；对于稳定版本，请参阅PathView。

用于基于途径的数据集成和可视化的工具集

生物导体版本：开发（3.16）

PathView是用于基于路径的数据集成和可视化的工具集。它绘制并呈现有关相关途径图的各种生物学数据。所有用户都需要提供其数据并指定目标途径。PathView会自动下载Pathway Graph数据，解析数据文件，将用户数据映射到路径，并使用映射数据渲染路径图。此外，PathView还与途径和基因集（富集）分析工具无缝集成，用于大规模和完全自动化的分析。

作者：Weijun Luo

维护者：weijun luo

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ pathView”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ pathview”）

PDF	R脚本	PathView：基于路径的数据集成和可视化
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	差异性，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，GraphandNetwork，，，，代谢组学，，，，微阵列，，，，途径，，，，蛋白质组学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，系统生物学，，，，可视化
版本	1.37.0
在生物导体中	Bioc 2.12（R-3.0）（9。5年）
执照	GPL（> = 3.0）
要看	R（> = 3.5.0）
进口	kegggraph，，，，XML，，，，rgraphviz，，，，图形，，，，PNG，，，，AnnotationDbi，，，，org.hs.eg.db，，，，keggrest，方法，utils
链接
建议	量规，，，，org.mm.eg.db，，，，运行，，，，生物基因
系统要求
增强
URL	https://github.com/datapplab/pathviewhttps://pathview.uncc.edu/
取决于我	bionetstat，，，，Egsea，，，，rnaseqr，，，，sbgnview
进口我	碎片器，，，，富集兄弟，，，，gdcrnatools，，，，Mageckflute，，，，tcgabiolinksgui，，，，tcgaworkflow
建议我	CageWorkFlow，，，，量规，，，，Gagedata，，，，tcgabiolinks
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	pathview_1.37.0.tar.gz
Windows二进制	PATHVIEW_1.37.0.ZIP
MacOS 10.13（高山脉）	PATHVIEW_1.37.0.TGZ
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pathview
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/pathview
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/pathview/
软件包下载报告	下载统计