PathView

doi:10.18129/b9.bioc.pathview

这是发展PathView的版本;对于稳定版本,请参阅PathView

用于基于途径的数据集成和可视化的工具集

生物导体版本:开发(3.16)

PathView是用于基于路径的数据集成和可视化的工具集。它绘制并呈现有关相关途径图的各种生物学数据。所有用户都需要提供其数据并指定目标途径。PathView会自动下载Pathway Graph数据,解析数据文件,将用户数据映射到路径,并使用映射数据渲染路径图。此外,PathView还与途径和基因集(富集)分析工具无缝集成,用于大规模和完全自动化的分析。

作者:Weijun Luo

维护者:weijun luo

引用(从r内,输入引用(“ PathView”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(decon ='devel')biocmanager :: install(“ pathView”)的用法

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ pathview”)

PDF R脚本 PathView:基于路径的数据集成和可视化
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 差异性,,,,基因表达,,,,基因烯,,,,遗传学,,,,GraphandNetwork,,,,代谢组学,,,,微阵列,,,,途径,,,,蛋白质组学,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件,,,,系统生物学,,,,可视化
版本 1.37.0
在生物导体中 Bioc 2.12(R-3.0)(9。5年)
执照 GPL(> = 3.0)
要看 R(> = 3.5.0)
进口 kegggraph,,,,XML,,,,rgraphviz,,,,图形,,,,PNG,,,,AnnotationDbi,,,,org.hs.eg.db,,,,keggrest,方法,utils
链接
建议 量规,,,,org.mm.eg.db,,,,运行,,,,生物基因
系统要求
增强
URL https://github.com/datapplab/pathviewhttps://pathview.uncc.edu/
取决于我 bionetstat,,,,Egsea,,,,rnaseqr,,,,sbgnview
进口我 碎片器,,,,富集兄弟,,,,gdcrnatools,,,,Mageckflute,,,,tcgabiolinksgui,,,,tcgaworkflow
建议我 CageWorkFlow,,,,量规,,,,Gagedata,,,,tcgabiolinks
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 pathview_1.37.0.tar.gz
Windows二进制 PATHVIEW_1.37.0.ZIP
MacOS 10.13(高山脉) PATHVIEW_1.37.0.TGZ
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pathview
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/pathview
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/pathview/
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