这是发展pareg的版本;稳定版请参见pareg.
Bioconductor版本:开发(3.17)
计算路径富集分数,同时考虑学期关系。该软件包使用正则化多元线性回归回归从路径隶属度矩阵上的多条件实验中获得的差分表达式p值。通过这样做,它能够将额外的生物学知识纳入富集分析,并更可靠地估计通路富集分数。
作者:Kim Philipp Jablonski [aut, cre]
维护者:Kim Philipp Jablonski < Kim . Philipp。Jablonski在gmail.com>
引文(从R内,输入引用(“pareg”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("pareg")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
参考手册 |
biocViews | DifferentialExpression,GeneExpression,GraphAndNetwork,网络,NetworkEnrichment,回归,软件,StatisticalMethod |
版本 | 1.3.0 |
在Bioconductor | BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 4.2),tensorflow(> = 2.2.0),tfprobability(> = 0.10.0) |
进口 | 统计数据,tidyr,purrr,furrr,宠物猫,胶水,tidygraph,igraph,代理,dplyr,magrittr,ggplot2,ggraph,rlang,进步,矩阵,matrixLaplacian,keras,nloptr,shadowtext、方法、剂量,stringr,网状 |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,testthat(> =魅惑,BiocStyle,formatR,devtools,plotROC,PRROC,mgsa,topGO,msigdbr,betareg,fgsea,ComplexHeatmap,GGally,ggsignif,circlize,enrichplot,ggnewscale,tidyverse,cowplot,ggfittext |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/cbg-ethz/pareg |
BugReports | https://github.com/cbg-ethz/pareg/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | |
Windows二进制 | pareg_1.3.0.zip |
macOS二进制文件(x86_64) | |
macOS二进制文件(arm64) | |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pareg |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pareg |
生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/pareg/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/pareg/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |