panp

DOI:10.18129 / B9.bioc.panp

这是发展panp的版本;稳定版请参见panp．

负链匹配探针集的存在-缺席调用

Bioconductor版本:开发(3.17)

基于与负链匹配探针集(NSMP)的距离进行基因存在/缺失调用的函数，该函数源自Affymetrix注释。PANP是在创建基因表达值之后应用的，因此可以在任何预处理方法(如MAS5或GCRMA)或仅pm方法(如RMA)之后使用。到目前为止，已经为HGU133A和HGU133-Plus-2.0芯片组建立了NSMP集。

作者:彼得·沃伦

维护者:Peter Warren < Peter。Warren在verizon.net>上

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("panp")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes (panp)

PDF	R脚本	基因的存在/缺席呼叫
PDF		参考手册

细节

biocViews	基础设施，软件
版本	1.69.0
在Bioconductor	BioC 1.8 (R-2.3)(16.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 2.10)，affy(> = 1.23.4),Biobase(> = 2.5.5)
进口	Biobase，方法，统计，utils
链接
建议	gcrma
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	panp_1.69.0.tar.gz
Windows二进制	panp_1.69.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	panp_1.69.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	panp_1.69.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/panp
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/panp
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/panp/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/panp/
软件包下载报告	下载数据