莲花

DOI:10.18129 / B9.bioc.padma

这是发展帕德玛版;稳定版请参见莲花．

使用多因素分析的个体化多组学路径偏差评分

Bioconductor版本:开发(3.17)

基于多组学分析(如RNA-seq、拷贝数改变、甲基化等)，使用多因素分析计算与抽样人群相关的个体化路径中心偏差评分。提供图形和数值输出，以识别感兴趣的特定途径的高度异常个体，以及异常多组谱的基因和组学驱动因素。

作者:Andrea Rau [cre, aut]， Regina Manansala [aut]， Florence Jaffrézic [ctb]， Denis Laloë [aut]， Paul Auer [aut]

维护者:Andrea Rau < Andrea。Rau在inrae.fr>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("padma")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“莲花”)

超文本标记语言	R脚本	padma软件包:快速入门指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BioCarta，GeneExpression，MethylSeq，通路，PrincipalComponent，RNASeq，软件，StatisticalMethod
版本	1.9.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (>= 4.1.0)，SummarizedExperiment，S4Vectors
进口	FactoMineR，MultiAssayExperiment，方法，图形，统计，utils
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，KEGGREST，missMDA，ggplot2，ggrepel，车，cowplot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/andreamrau/padma
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	padma_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	padma_1.9.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	padma_1.9.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	padma_1.9.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/padma
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/padma
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/padma/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/padma/
软件包下载报告	下载数据