packFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.packFinder

这是发展packFinder版本;稳定的发布版本,请参阅packFinder。

新创的注释Pack-TYPE转座的元素

Bioconductor版本:发展(3.18)

在硅片pack-TYPE转座子发现算法和工具。过滤器给定基因组DNA转座子和独有的属性提供的调查工具返回匹配。序列输入DNAString格式和范围作为dataframe返回(返回的格式as.dataframe(农庄))。

作者:杰克Gisby (aut (cre)Marco Catoni (aut)

维护人员:杰克Gisby < jackgisby gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“packFinder”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“packFinder”)

HTML	R脚本	packFinder
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,遗传学,SequenceMatching,软件
版本	1.13.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(3年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	Biostrings,GenomicRanges公里,猿、方法IRanges,S4Vectors
链接
建议	biomartr、knitr rmarkdown、testthat dendextend,biocViews,BiocCheck,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jackgisby/packFinder
BugReports	https://github.com/jackgisby/packFinder/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	packFinder_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	packFinder_1.13.0.zip
macOS二进制(x86_64)	packFinder_1.13.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/packFinder
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ packFinder
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/packFinder/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/packFinder/
包下载报告	下载数据