pRoloc

DOI:10.18129 / B9.bioc.pRoloc

这是发展pRoloc版本;稳定的发布版本,请参阅pRoloc。

一个统一的空间蛋白质组学的生物信息学框架

Bioconductor版本:发展(3.16)

pRoloc包实现了机器学习和可视化方法的分析和interogation quantitiative质谱数据可靠推断蛋白质亚细胞定位。

作者:Laurent与奥利弗和m . Breckels骗子和丽莎来自托马斯汉堡和塞缪尔Wieczorek

维修工:Laurent与<劳伦。与在uclouvain.be >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“pRoloc”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“pRoloc”)

HTML	R脚本	空间蛋白质组学的迁移学习算法
HTML	R脚本	注释空间蛋白质组学数据
HTML	R脚本	贝叶斯空间与pRoloc蛋白质组学
HTML	R脚本	机器学习技术在pRoloc可用
HTML	R脚本	使用pRoloc空间蛋白质组学数据分析
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		pRoloc, pRolocdata pRolocGUI

细节

biocViews	分类,聚类,ImmunoOncology,MassSpectrometry,蛋白质组学,质量控制,软件
版本	1.37.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(9年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5),MSnbase(> = 1.19.20),MLInterfaces(> = 1.67.10)、方法Rcpp(> = 0.10.3),BiocParallel
进口	stats4,Biobase,mclust(> = 4.3),脱字符号,e1071,抽样,类,kernlab,晶格,nnet,randomForest,代理,模糊神经网络,hexbin,BiocGenerics统计数据,dendextend,RColorBrewer,尺度,质量,knitr,mvtnorm,LaplacesDemon,coda,mixtools,gtools,plyr,ggplot2,biomaRt跑龙套,grDevices图形
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	testthat,rmarkdown,pRolocdata(> = 1.9.4),roxygen2,xtable,rgl,BiocStyle(> = 2.5.19),hpar(> = 1.15.3),dplyr,akima,字段,素食主义者,GO.db,AnnotationDbi,Rtsne(> = 0.13),nipals,重塑,魔法
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lgatto/pRoloc
BugReports	https://github.com/lgatto/pRoloc/issues
取决于我	bandle,pRolocGUI
进口我
建议我	MSnbase,pRolocdata,RforProteomics
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	pRoloc_1.37.0.tar.gz
Windows二进制	pRoloc_1.37.0.zip
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pRoloc
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pRoloc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pRoloc/
包下载报告	下载数据