这是发展正差的版本;对于稳定版本,请参阅正差。
生物导体版本:开发(3.16)
正式基因是用于轻松映射数百种物种的直系同源基因的R包装。它从700多种生物体上拉出了最新的种间基因直系同源映射。它还提供了各种效用函数来映射公共对象(例如,数据帧,基因表达矩阵,列表)到来自任何其他物种的1:1基因直系同源物上。
维护者:Brian Schilder
引用(从r内,输入引用(“正式基”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:
if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ orthogene”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“正式”)
html | R脚本 | Docker |
html | R脚本 | 推断物种 |
html | R脚本 | 正差 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 比较基因组学,,,,基因表达,,,,遗传学,,,,系统发育学,,,,预处理,,,,软件,,,,转录组学 |
版本 | 1.3.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.14(R-4.1)(0.5岁) |
执照 | GPL-3 |
要看 | R(> = 4.1) |
进口 | dplyr,方法,统计,utils,矩阵,,,,jsonlite,,,,同源,,,,Gprofiler2,,,,Babelgene,,,,Data.Table, 平行,GGPLOT2,,,,ggpubr,,,,拼布,,,,延迟,,,,延迟的matrixstats,,,,矩阵,,,,grr,,,,repmis,,,,格特里, 工具 |
链接 | |
建议 | 远程,,,,尼特,,,,生物使用,,,,COVR,,,,降价,,,,rmarkDown,,,,这里,,,,测试(> = 3.0.0),背带,,,,獾,,,,魔术,,,,desc,,,,hrbrthemes,,,,开罗,,,,Yulab.utils,,,,避风港,GenomeInfodbdata,猿,,,,Phytools,,,,rphylopic,,,,通道,,,,rcolorbrewer,,,,ggimage |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/neurogenomics/ortornogene |
BugReports | https://github.com/neurogenomics/orthogene/issues |
取决于我 | |
进口我 | ewce |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | orthogene_1.3.0.tar.gz |
Windows二进制 | orthogene_1.3.0.zip |
MacOS 10.13(高山脉) | orthogene_1.3.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ortornogene |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/orthogene |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/orthogene/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |