正差

doi:10.18129/b9.bioc.ortrolene

这是发展正差的版本;对于稳定版本,请参阅正差

种间基因映射

生物导体版本:开发(3.16)

正式基因是用于轻松映射数百种物种的直系同源基因的R包装。它从700多种生物体上拉出了最新的种间基因直系同源映射。它还提供了各种效用函数来映射公共对象(例如,数据帧,基因表达矩阵,列表)到来自任何其他物种的1:1基因直系同源物上。

作者:Brian Schilder [CRE]

维护者:Brian Schilder

引用(从r内,输入引用(“正式基”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ orthogene”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“正式”)

html R脚本 Docker
html R脚本 推断物种
html R脚本 正差
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 比较基因组学,,,,基因表达,,,,遗传学,,,,系统发育学,,,,预处理,,,,软件,,,,转录组学
版本 1.3.0
在生物导体中 Bioc 3.14(R-4.1)(0.5岁)
执照 GPL-3
要看 R(> = 4.1)
进口 dplyr,方法,统计,utils,矩阵,,,,jsonlite,,,,同源,,,,Gprofiler2,,,,Babelgene,,,,Data.Table, 平行,GGPLOT2,,,,ggpubr,,,,拼布,,,,延迟,,,,延迟的matrixstats,,,,矩阵,,,,grr,,,,repmis,,,,格特里, 工具
链接
建议 远程,,,,尼特,,,,生物使用,,,,COVR,,,,降价,,,,rmarkDown,,,,这里,,,,测试(> = 3.0.0),背带,,,,,,,,魔术,,,,desc,,,,hrbrthemes,,,,开罗,,,,Yulab.utils,,,,避风港,GenomeInfodbdata,,,,,Phytools,,,,rphylopic,,,,通道,,,,rcolorbrewer,,,,ggimage
系统要求
增强
URL https://github.com/neurogenomics/ortornogene
BugReports https://github.com/neurogenomics/orthogene/issues
取决于我
进口我 ewce
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 orthogene_1.3.0.tar.gz
Windows二进制 orthogene_1.3.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) orthogene_1.3.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ortornogene
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/orthogene
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/orthogene/
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