oppar

DOI:10.18129 / B9.bioc.oppar

这是发展oppar版本;稳定的发布版本,请参阅oppar。

离群值R中的概要文件和路径分析

Bioconductor版本:发展(3.18)

王的R实现mCOPA包发布的et al . (2012)。Oppar提供了癌症离群值剖面分析方法。尽管最初开发检测异常基因在癌症研究中,方法提出了oppar可用于异常剖面分析。此外,为基因集富集提供了工具和途径分析。

作者:Chenwei王(aut) Alperen Taciroglu (aut),斯蒂芬·R Maetschke (aut),科琳C纳尔逊(aut),马克Ragan (aut),梅丽莎·戴维斯(aut) Soroor Hediyeh陈守煜,(cre) Momeneh Foroutan (ctr)

维护人员:Soroor Hediyeh陈守煜< hediyehzadeh。年代在wehi.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“oppar”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“oppar”)

HTML	R脚本	OPPAR:离群值R中的概要文件和路径分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GeneSetEnrichment,通路,软件,SystemsBiology
版本	1.29.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(7年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.3)
进口	Biobase、方法、GSEABase,GSVA
链接
建议	knitr rmarkdown,limma,org.Hs.eg.db,GO.db雪,平行
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	oppar_1.29.0.tar.gz
Windows二进制	oppar_1.29.0.zip
macOS二进制(x86_64)	oppar_1.29.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oppar
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ oppar
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/oppar/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/oppar/
包下载报告	下载数据