oposSOM

DOI:10.18129 / B9.bioc.oposSOM

这是发展负鼠的版本;稳定版请参见oposSOM．

转录组数据综合分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

该包将微阵列表达式数据转换为降维元数据。它提供了各种以样本为中心和以组为中心的可视化、样本相似性分析和功能丰富分析。底层SOM算法结合了特征聚类、多维缩放和降维，以及强大的可视化能力。它支持提取和描述数据中固有的函数表达式模块。

作者:Henry Loeffler-Wirth ， Hoang Thanh Le < Le at izbi.uni-leipzig.de>和Martin Kalcher

维护者:Henry Loeffler-Wirth

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("oposSOM")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“oposSOM”)

PDF	R脚本	负鼠用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation，DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，软件，可视化
版本	2.17.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(8.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 4.0.0)，igraph(> = 1.0.0)
进口	fastICA，tsne，scatterplot3d，象图，fdrtool，猿，biomaRt，Biobase，RcppParallel，Rcpp、方法、图，XML，png，RCurl
链接	RcppParallel，Rcpp
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://som.izbi.uni-leipzig.de
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	oposSOM_2.17.0.tar.gz
Windows二进制	oposSOM_2.17.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	oposSOM_2.17.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	oposSOM_2.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oposSOM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/oposSOM
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/oposSOM/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/oposSOM/
软件包下载报告	下载数据