oncomix

DOI:10.18129 / B9.bioc.oncomix

这是发展oncomix版本;稳定的发布版本,请参阅oncomix。

识别基因过表达在肿瘤从Tumor-Normal mRNA表达数据的子集

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个包可以帮助识别mrna在子集的肿瘤相对于正常组织。理想输入将成对tumor-normal数据来自同一组织许多患者(> 15双)。这种无监督的方法依赖于观察,致癌基因是典型的在人群中只有一个子集的肿瘤,并可能有助于确定致癌基因完全基于候选人mRNA表达差异以前未知的亚型。

作者:约翰•Greally丹尼尔·皮克杰西卡Mar

维护人员:丹尼尔皮克<丹尼尔。皮克在med.einstein.yu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“oncomix”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	OncoMix装饰图案
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文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,测序,软件
版本	1.21.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	ggplot2,ggrepel,RColorBrewer,mclust统计数据,SummarizedExperiment
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,RMySQL
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	oncomix_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	oncomix_1.21.0.zip
macOS二进制(x86_64)	oncomix_1.21.0.tgz
macOS二进制(arm64)	oncomix_1.21.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oncomix
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ oncomix
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/oncomix/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/oncomix/
包下载报告	下载数据