omicsViewer

DOI:10.18129 / B9.bioc.omicsViewer

这是发展omicsViewer版本;稳定的发布版本,请参阅omicsViewer。

互动和探险的可视化SummarizedExperssionSet或使用omicsViewer ExpressionSet

Bioconductor版本:发展(3.18)

omicsViewer可视化ExpressionSet以交互式方式(或SummarizedExperiment)。omicsViewer有单独的前端、后台。在后端,用户需要准备一个包含所有必要的信息ExpressionSet下游数据解释。一些额外要求表型数据的标题或特性数据实施,提供的信息可以清楚地认识到前端,与此同时,保持最小修改现有ExpressionSet对象。纯粹依赖R / Bioconductor保证统计分析在后端最大的灵活性。一旦ExpressionSet准备,它可以使用前端可视化,实现闪亮和阴谋。特征和样本可以从(数据)选择表或图(散点图/热图)。不同类型的分析,如浓缩分析(使用Bioconductor包fgsea或确切概率法)和字符串网络分析,将同时动态和结果可视化。当样品和表型变量的子集被选中时,意味着显著性检验(t检验或基于排名的测试;当表型变量量化)或独立测试(卡方或确切概率法; when phenotype data is categorical) will be performed to test the association between the phenotype of interest with the selected samples. Additionally, other analyses can be easily added as extra shiny modules. Therefore, omicsViewer will greatly facilitate data exploration, many different hypotheses can be explored in a short time without the need for knowledge of R. In addition, the resulting data could be easily shared using a shiny server. Otherwise, a standalone version of omicsViewer together with designated omics data could be easily created by integrating it with portable R, which can be shared with collaborators or submitted as supplementary data together with a manuscript.

作者:陈孟(aut (cre)

维护人员:陈孟< mengchen18 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“omicsViewer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“omicsViewer”)

HTML	R脚本	quickStart.html
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		01介绍输入数据

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneSetEnrichment,MotifDiscovery,网络,NetworkEnrichment,软件,可视化
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.2)
进口	survminer、生存、fastmatch reshape2、stringr beeswarm, grDevices, DT,闪亮,shinythemes, shinyWidgets,阴谋,networkD3, httr, matrixStats, RColorBrewer,Biobase,fgsea,心理openxlsx shinybusy、ggseqlogo htmlwidgets,图形、网格,数据,跑龙套,方法,shinyjs,卷发,flatxml, ggplot2,S4Vectors,SummarizedExperiment,矩阵RSQLite shinycssloaders, ROCR
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown knitr unittest
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mengchen18/omicsViewer
BugReports	https://github.com/mengchen18/omicsViewer
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	omicsViewer_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	omicsViewer_1.5.0.zip
macOS二进制(x86_64)	omicsViewer_1.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)	omicsViewer_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/omicsViewer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ omicsViewer
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/omicsViewer/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/omicsViewer/
包下载报告	下载数据