益生元

DOI:10.18129 / B9.bioc.oligo

这是发展oligo的版本;稳定版请参见益生元

寡核苷酸阵列的预处理工具

Bioconductor版本:开发(3.13)

在探针水平上分析寡核苷酸阵列(表达/SNP/平铺/外显子)的包。它目前支持Affymetrix (CEL文件)和NimbleGen数组(XYS文件)。

作者:Benilton Carvalho和Rafael Irizarry

维护者:Benilton Carvalho < Benilton at unicamp.br>

引文(从R内,输入引用(“益生元”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("oligo")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“益生元”)

PDF oligo用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImportDifferentialExpressionExonArrayGeneExpression微阵列OneChannel预处理单核苷酸多态性软件TwoChannel
版本 1.55.1
在Bioconductor BioC 2.0 (R-2.5)(14年)
许可证 LGPL (>= 2)
取决于 R (>= 3.2.0),BiocGenerics(> = 0.13.11),oligoClasses(> = 1.29.6),Biobase(> = 2.27.3),Biostrings(> = 2.35.12)
进口 affyio(> = 1.35.0),affxparser(> = 1.39.4),DBI(> = 0.3.1),ff、图形、方法、preprocessCore(> = 1.29.0),RSQLite(>= 1.0.0),样条,stats, stats4, utils,zlibbioc
链接 preprocessCore
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18hapmap100kxbapd.hg.u95av2pd.mapping50k.xba240pd.huex.1.0.st.v2pd.hg18.60mer.exprpd.hugene.1.0.st.v1maqcExpression4plexgenefilterlimmaRColorBreweroligoDataBiocStyleknitrRUnitbiomaRtAnnotationDbiACMERCurl
SystemRequirements
增强了 doMCdoMPI
URL
全靠我 斜体maEndToEndoligoDatapd.081229.hg18.promoter.medip.hx1pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoterpd.2006.07.18.mm8.refseq.promoterpd.2006.10.31.rn34.refseq.promoterpd.agpd.aragene.1.0.stpd.aragene.1.1.stpd.atdschip.tilingpd.ath1.121501pd.barley1pd.bovgene.1.0.stpd.bovgene.1.1.stpd.bovinepd.bsubtilispd.cangene.1.0.stpd.cangene.1.1.stpd.caninepd.canine.2pd.celeganspd.charm.hg18.examplepd.chickenpd.chigene.1.0.stpd.chigene.1.1.stpd.chogene.2.0.stpd.chogene.2.1.stpd.citruspd.clariom.d.humanpd.clariom.s.humanpd.clariom.s.human.htpd.clariom.s.mousepd.clariom.s.mouse.htpd.clariom.s.ratpd.clariom.s.rat.htpd.cottonpd.cyngene.1.0.stpd.cyngene.1.1.stpd.cyrgene.1.0.stpd.cyrgene.1.1.stpd.cytogenetics.arraypd.drogene.1.0.stpd.drogene.1.1.stpd.drosgenome1pd.drosophila.2pd.e.coli.2pd.ecolipd.ecoli.asv2pd.elegene.1.0.stpd.elegene.1.1.stpd.equgene.1.0.stpd.equgene.1.1.stpd.feinberg.hg18.me.hx1pd.feinberg.mm8.me.hx1pd.felgene.1.0.stpd.felgene.1.1.stpd.fingene.1.0.stpd.fingene.1.1.stpd.genomewidesnp.5pd.genomewidesnp.6pd.guigene.1.0.stpd.guigene.1.1.stpd.hc.g110pd.hg.focuspd.hg.u133.plus.2pd.hg.u133apd.hg.u133a.2pd.hg.u133a.tagpd.hg.u133bpd.hg.u219pd.hg.u95apd.hg.u95av2pd.hg.u95bpd.hg.u95cpd.hg.u95dpd.hg.u95epd.hg18.60mer.exprpd.ht.hg.u133.plus.pmpd.ht.hg.u133apd.ht.mg.430apd.hta.2.0pd.hu6800pd.huex.1.0.st.v2pd.hugene.1.0.st.v1pd.hugene.1.1.st.v1pd.hugene.2.0.stpd.hugene.2.1.stpd.maizepd.mapping250k.nsppd.mapping250k.stypd.mapping50k.hind240pd.mapping50k.xba240pd.margene.1.0.stpd.margene.1.1.stpd.medgene.1.0.stpd.medgene.1.1.stpd.medicagopd.mg.u74apd.mg.u74av2pd.mg.u74bpd.mg.u74bv2pd.mg.u74cpd.mg.u74cv2pd.mirna.1.0pd.mirna.2.0pd.mirna.3.0pd.mirna.3.1pd.mirna.4.0pd.moe430apd.moe430bpd.moex.1.0.st.v1pd.mogene.1.0.st.v1pd.mogene.1.1.st.v1pd.mogene.2.0.stpd.mogene.2.1.stpd.mouse430.2pd.mouse430a.2pd.mta.1.0pd.mu11ksubapd.mu11ksubbpd.nugo.hs1a520180pd.nugo.mm1a520177pd.ovigene.1.0.stpd.ovigene.1.1.stpd.pae.g1apd.plasmodium.anophelespd.poplarpd.porcinepd.porgene.1.0.stpd.porgene.1.1.stpd.rabgene.1.0.stpd.rabgene.1.1.stpd.rae230apd.rae230bpd.raex.1.0.st.v1pd.ragene.1.0.st.v1pd.ragene.1.1.st.v1pd.ragene.2.0.stpd.ragene.2.1.stpd.rat230.2pd.rcngene.1.0.stpd.rcngene.1.1.stpd.rg.u34apd.rg.u34bpd.rg.u34cpd.rhegene.1.0.stpd.rhegene.1.1.stpd.rhesuspd.ricepd.rjpgene.1.0.stpd.rjpgene.1.1.stpd.rn.u34pd.rta.1.0pd.rusgene.1.0.stpd.rusgene.1.1.stpd.s.aureuspd.soybeanpd.soygene.1.0.stpd.soygene.1.1.stpd.sugar.canepd.tomatopd.u133.x3ppd.vitis.viniferapd.wheatpd.x.laevis.2pd.x.tropicalispd.xenopus.laevispd.yeast.2pd.yg.s98pd.zebgene.1.0.stpd.zebgene.1.1.stpd.zebrafishpdInfoBuilder彪马pumadata扫描。通用产品
进口我 ArrayExpresscn.farmscrossmetafrma斜体mimager
建议我 fastsegfrmaToolshapmap100khindhapmap100kxbahapmap500knsphapmap500kstyhapmapsnp5hapmapsnp6maqcExpression4plex
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 oligo_1.55.1.tar.gz
Windows二进制 oligo_1.55.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) oligo_1.55.1.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oligo
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/oligo
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/oligo/
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