益生元

DOI:10.18129 / B9.bioc.oligo

这是发展oligo的版本;稳定版请参见益生元．

寡核苷酸阵列的预处理工具

Bioconductor版本:开发(3.13)

在探针水平上分析寡核苷酸阵列(表达/SNP/平铺/外显子)的包。它目前支持Affymetrix (CEL文件)和NimbleGen数组(XYS文件)。

作者:Benilton Carvalho和Rafael Irizarry

维护者:Benilton Carvalho < Benilton at unicamp.br>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("oligo")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“益生元”)

PDF		oligo用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，DifferentialExpression，ExonArray，GeneExpression，微阵列，OneChannel，预处理，单核苷酸多态性，软件，TwoChannel
版本	1.55.1
在Bioconductor	BioC 2.0 (R-2.5)(14年)
许可证	LGPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.2.0)，BiocGenerics(> = 0.13.11),oligoClasses(> = 1.29.6),Biobase(> = 2.27.3),Biostrings(> = 2.35.12)
进口	affyio(> = 1.35.0),affxparser(> = 1.39.4),DBI(> = 0.3.1),ff、图形、方法、preprocessCore(> = 1.29.0),RSQLite(>= 1.0.0)，样条，stats, stats4, utils，zlibbioc
链接	preprocessCore
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18，hapmap100kxba，pd.hg.u95av2，pd.mapping50k.xba240，pd.huex.1.0.st.v2，pd.hg18.60mer.expr，pd.hugene.1.0.st.v1，maqcExpression4plex，genefilter，limma，RColorBrewer，oligoData，BiocStyle，knitr，RUnit，biomaRt，AnnotationDbi，ACME，RCurl
SystemRequirements
增强了	doMC，doMPI
URL
全靠我	斜体，maEndToEnd，oligoData，pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1，pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter，pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter，pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter，pd.ag，pd.aragene.1.0.st，pd.aragene.1.1.st，pd.atdschip.tiling，pd.ath1.121501，pd.barley1，pd.bovgene.1.0.st，pd.bovgene.1.1.st，pd.bovine，pd.bsubtilis，pd.cangene.1.0.st，pd.cangene.1.1.st，pd.canine，pd.canine.2，pd.celegans，pd.charm.hg18.example，pd.chicken，pd.chigene.1.0.st，pd.chigene.1.1.st，pd.chogene.2.0.st，pd.chogene.2.1.st，pd.citrus，pd.clariom.d.human，pd.clariom.s.human，pd.clariom.s.human.ht，pd.clariom.s.mouse，pd.clariom.s.mouse.ht，pd.clariom.s.rat，pd.clariom.s.rat.ht，pd.cotton，pd.cyngene.1.0.st，pd.cyngene.1.1.st，pd.cyrgene.1.0.st，pd.cyrgene.1.1.st，pd.cytogenetics.array，pd.drogene.1.0.st，pd.drogene.1.1.st，pd.drosgenome1，pd.drosophila.2，pd.e.coli.2，pd.ecoli，pd.ecoli.asv2，pd.elegene.1.0.st，pd.elegene.1.1.st，pd.equgene.1.0.st，pd.equgene.1.1.st，pd.feinberg.hg18.me.hx1，pd.feinberg.mm8.me.hx1，pd.felgene.1.0.st，pd.felgene.1.1.st，pd.fingene.1.0.st，pd.fingene.1.1.st，pd.genomewidesnp.5，pd.genomewidesnp.6，pd.guigene.1.0.st，pd.guigene.1.1.st，pd.hc.g110，pd.hg.focus，pd.hg.u133.plus.2，pd.hg.u133a，pd.hg.u133a.2，pd.hg.u133a.tag，pd.hg.u133b，pd.hg.u219，pd.hg.u95a，pd.hg.u95av2，pd.hg.u95b，pd.hg.u95c，pd.hg.u95d，pd.hg.u95e，pd.hg18.60mer.expr，pd.ht.hg.u133.plus.pm，pd.ht.hg.u133a，pd.ht.mg.430a，pd.hta.2.0，pd.hu6800，pd.huex.1.0.st.v2，pd.hugene.1.0.st.v1，pd.hugene.1.1.st.v1，pd.hugene.2.0.st，pd.hugene.2.1.st，pd.maize，pd.mapping250k.nsp，pd.mapping250k.sty，pd.mapping50k.hind240，pd.mapping50k.xba240，pd.margene.1.0.st，pd.margene.1.1.st，pd.medgene.1.0.st，pd.medgene.1.1.st，pd.medicago，pd.mg.u74a，pd.mg.u74av2，pd.mg.u74b，pd.mg.u74bv2，pd.mg.u74c，pd.mg.u74cv2，pd.mirna.1.0，pd.mirna.2.0，pd.mirna.3.0，pd.mirna.3.1，pd.mirna.4.0，pd.moe430a，pd.moe430b，pd.moex.1.0.st.v1，pd.mogene.1.0.st.v1，pd.mogene.1.1.st.v1，pd.mogene.2.0.st，pd.mogene.2.1.st，pd.mouse430.2，pd.mouse430a.2，pd.mta.1.0，pd.mu11ksuba，pd.mu11ksubb，pd.nugo.hs1a520180，pd.nugo.mm1a520177，pd.ovigene.1.0.st，pd.ovigene.1.1.st，pd.pae.g1a，pd.plasmodium.anopheles，pd.poplar，pd.porcine，pd.porgene.1.0.st，pd.porgene.1.1.st，pd.rabgene.1.0.st，pd.rabgene.1.1.st，pd.rae230a，pd.rae230b，pd.raex.1.0.st.v1，pd.ragene.1.0.st.v1，pd.ragene.1.1.st.v1，pd.ragene.2.0.st，pd.ragene.2.1.st，pd.rat230.2，pd.rcngene.1.0.st，pd.rcngene.1.1.st，pd.rg.u34a，pd.rg.u34b，pd.rg.u34c，pd.rhegene.1.0.st，pd.rhegene.1.1.st，pd.rhesus，pd.rice，pd.rjpgene.1.0.st，pd.rjpgene.1.1.st，pd.rn.u34，pd.rta.1.0，pd.rusgene.1.0.st，pd.rusgene.1.1.st，pd.s.aureus，pd.soybean，pd.soygene.1.0.st，pd.soygene.1.1.st，pd.sugar.cane，pd.tomato，pd.u133.x3p，pd.vitis.vinifera，pd.wheat，pd.x.laevis.2，pd.x.tropicalis，pd.xenopus.laevis，pd.yeast.2，pd.yg.s98，pd.zebgene.1.0.st，pd.zebgene.1.1.st，pd.zebrafish，pdInfoBuilder，彪马，pumadata，扫描。通用产品
进口我	ArrayExpress，cn.farms，crossmeta，frma，斜体，mimager
建议我	fastseg，frmaTools，hapmap100khind，hapmap100kxba，hapmap500knsp，hapmap500ksty，hapmapsnp5，hapmapsnp6，maqcExpression4plex
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	oligo_1.55.1.tar.gz
Windows二进制	oligo_1.55.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	oligo_1.55.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oligo
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/oligo
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/oligo/
软件包下载报告	下载数据