octad

DOI:10.18129 / B9.bioc.octad

这是发展octad版本;稳定的发布版本,请参阅octad。

打开发现癌症治疗(OCTAD)

Bioconductor版本:发展(3.18)

OCTAD为几乎筛选化合物提供了一个平台定位精确的癌症患者群体。的基本思想是确定药物逆转疾病的基因表达特征通过堵住vegf基因刺激弱表达。包提供了基础参考深度学习组织选择,疾病基因表达特征创建、通路富集分析,药物逆转效能得分,癌症细胞系的选择、药物在硅富集分析和验证。目前占地面积50 ~ 20000病人组织样本覆盖癌症类型,和表达谱~ 12000不同的化合物。

作者:e·契卡林(aut (cre),美国Paithankar (aut), b .曾庆红(aut), b . Glicksberg[所有],p·纽伯里(施),j .兴(施),k·刘(施),a .温家宝(施),d·约瑟夫(施),b·陈(aut)

维护人员:e·契卡林< eygen。契卡林在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“octad”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“octad”)

HTML	R脚本	octad
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传药理学,药物基因组学,软件
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2.0)、magrittr dplyr, ggplot2,刨边机,RUVSeq,DESeq2,limma,rhdf5foreach Rfast,octad.db、统计、httrExperimentHub,AnnotationHub,Biobase,S4Vectors
进口	EDASeq,GSVA、数据。表、htmlwidgets情节,reshape2 grDevices跑龙套
链接
建议	knitr, rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	octad_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	octad_1.3.0.zip
macOS二进制(x86_64)	octad_1.3.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/octad
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ octad
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/octad/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/octad/
包下载报告	下载数据