nucleoSim

DOI:10.18129 / B9.bioc.nucleoSim

这是发展nucleoSim版本;稳定的发布版本,请参阅nucleoSim。

地图生成合成核小体

Bioconductor版本:发展(3.18)

这个包可以生成一个覆盖核小体的合成与读取地图区域以及一个合成的地图与正向和反向读取模拟下一代测序。的合成杂交数据也可以生成“瓷砖数组”。用户选择阅读的三种不同分布定位:正常,学生和制服。此外,还提供了一个可视化工具来探索合成核小体的地图。

作者:Rawane Samb (aut),阿斯特丽德Deschenes (cre, aut)Pascal Belleau (aut)阿尔诺·所有权(aut)

维护人员:阿斯特丽德Deschenes < adeschen hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“nucleoSim”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“nucleoSim”)

HTML	R脚本	地图生成合成核小体
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,遗传学,测序,软件,StatisticalMethod
版本	1.29.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	统计数据,IRanges,S4Vectors、图形的方法
链接
建议	BiocStyle,BiocGenerics,rmarkdown knitr testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/arnauddroitlab/nucleoSim
BugReports	https://github.com/arnauddroitlab/nucleoSim/issues
取决于我
进口我
建议我	RJMCMCNucleosomes
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	nucleoSim_1.29.0.tar.gz
Windows二进制	nucleoSim_1.29.0.zip
macOS二进制(x86_64)	nucleoSim_1.29.0.tgz
macOS二进制(arm64)	nucleoSim_1.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nucleoSim
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ nucleoSim
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/nucleoSim/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/nucleoSim/
包下载报告	下载数据