npGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.npGSEA

这是发展npGSEA版本;稳定版请参见npGSEA．

基因集富集分析的排列近似方法(非排列GSEA)

Bioconductor版本:开发(3.17)

目前的基因集富集方法依赖于排列进行推理。这些方法在计算上是昂贵的，并且具有基于排列数量的最小可实现p值，而不是基于实际观察到的统计数据。我们推导了两个基因集富集试验统计量的排列分布的三个参数近似。用我们的方法，我们能够减少排列测试的计算负担和粒度问题，这是在这个包中实现的。npGSEA计算基因集富集统计量和p值，而不需要排列的计算成本。它适用于对一个或多个基因集感兴趣的环境。还有内置的绘图功能来帮助用户可视化结果。

作者:杰西卡·拉森和阿特·欧文

维护者:杰西卡·拉森<拉森。杰西在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("npGSEA")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“npGSEA”)

PDF	R脚本	使用“npGSEA”软件包进行基因集富集分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSetEnrichment，微阵列，通路，软件，StatisticalMethod
版本	1.35.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GSEABase(> = 1.24.0)
进口	Biobase、方法、BiocGenerics、图形、统计
链接
建议	所有，genefilter，limma，hgu95av2.db，ReportingTools，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	npGSEA_1.35.0.tar.gz
Windows二进制	npGSEA_1.35.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	npGSEA_1.35.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	npGSEA_1.35.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/npGSEA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/npGSEA
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/npGSEA/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/npGSEA/
软件包下载报告	下载数据