normr

DOI:10.18129 / B9.bioc.normr

这是发展normr版本;稳定的发布版本,请参阅normr。

调用ChIP-seq数据规范化和区别

Bioconductor版本:发展(3.16)

健壮的规范化和区别ChIP-seq调用程序和数据。读统计建模共同作为一个二项与指定数量的组件混合模型。合身的背景估计占浓缩在某些地区的影响,因此,代表了一个适当的零假设。这个健壮的背景是用来识别显著富集或贫化区。

作者:约翰内斯·赫尔穆特(aut (cre) Ho-Ryun涌(aut)

维护人员:约翰内斯·赫尔穆特<约翰内斯。赫尔穆特在laborberlin.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“normr”)

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文档

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细节

biocViews	对齐,贝叶斯,ChIPSeq,分类,DataImport,DifferentialPeakCalling,FunctionalGenomics,遗传学,MultipleComparison,归一化,PeakDetection,预处理,RIPSeq,软件
版本	1.23.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(5.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.3.0)
进口	方法、统计跑龙套,grDevices平行,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges,Rcpp(> = 0.11),qvalue(> = 2.2),bamsignals(> = 1.4),rtracklayer(> = 1.32)
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,testthat(> = 1.0),knitr,rmarkdown
SystemRequirements	c++ 11
增强了	BiocParallel
URL	https://github.com/your-highness/normR
BugReports	https://github.com/your-highness/normR/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	normr_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	normr_1.23.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	normr_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/normr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ normr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/normr/
包下载报告	下载数据