normalize450K

DOI:10.18129 / B9.bioc.normalize450K

这是发展normalize450K版本;稳定的发布版本,请参阅normalize450K。

Illumina公司英飞纳姆450 k数据的预处理

Bioconductor版本:发展(3.18)

精确测量是重要的epigenome-wide研究调查在全血样品DNA甲基化,在影响大小预计的规模较小。450 k平台通常是受批处理效果和建议合适的预处理。这个包提供了函数来读取和450 k的正常化。idat”文件。染料的正常化纠正偏见和偏见与信号强度和探针使用本地的甲基化回归。不执行探测类型偏见的调整,以避免权衡beta-values精度的精度。

作者:乔纳森·亚历山大策略

维修工:乔纳森·亚历山大Heiss <乔纳森。在posteo.de heiss >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“normalize450K”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“normalize450K”)

PDF	R脚本	450 k数据的标准化
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	DNAMethylation,MethylationArray,微阵列,归一化,预处理,软件,TwoChannel
版本	1.29.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(7年)
许可证	BSD_2_clause +文件许可证
取决于	R (> = 3.3),Biobase,illuminaio,quadprog
进口	跑龙套
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	normalize450K_1.29.0.tar.gz
Windows二进制	normalize450K_1.29.0.zip
macOS二进制(x86_64)	normalize450K_1.29.0.tgz
macOS二进制(arm64)	normalize450K_1.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/normalize450K
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ normalize450K
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/normalize450K/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/normalize450K/
包下载报告	下载数据