ngsReports

DOI:10.18129 / B9.bioc.ngsReports

这是发展ngsReports版本;稳定的发布版本,请参阅ngsReports。

负载FastqQC报告和其他门店相关文件

Bioconductor版本:发展(3.18)

这个包提供了解析方法和对象类FastQC从其他门店工具报告和输出汇总到r以及解析文件,实现了多种绘图方法视觉解析数据。块可以作为静态生成ggplot对象或交互式绘图对象。

作者:史蒂夫Pederson (aut (cre)克里斯托弗·沃德(aut), Thu-Hien (aut)

维护人员:史蒂夫Pederson < stephen.pederson。非盟在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ngsReports”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ngsReports”)

HTML	R脚本	介绍ngsReports
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	质量控制,ReportWriting,软件
版本	2.3.4
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0),BiocGenericsggplot2(> = 3.4.0)(> = 1.1.1),宠物猫(> = 1.3.1)
进口	Biostrings将军,dplyr (> = 1.1.0), DT, forcats, ggdendro, grDevices(> = 3.6.0),网格,jsonlite,生命周期,lubridate,方法,老鸨,情节(> = 4.9.4)readr, reshape2, rlang, rmarkdown,尺度,统计,stringr, tidyr, tidyselect(> = 0.2.3),跑龙套,动物园
链接
建议	BiocStyle、开罗、knitr testthat truncnorm
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/smped/ngsReports
BugReports	https://github.com/smped/ngsReports/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ngsReports_2.3.4.tar.gz
Windows二进制	ngsReports_2.3.4.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	ngsReports_2.3.4.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ngsReports
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ngsReports
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ngsReports/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ngsReports/
包下载报告	下载数据