netZooR

DOI:10.18129 / B9.bioc.netZooR

这是发展netZooR版本;稳定的发布版本,请参阅netZooR。

统一的方法对基因调控网络的推理和分析

Bioconductor版本:发展(3.18)

动物园netZooR结合实现的几个网络方法(netzoo netzoo.github.io)成一个单一的包通过创建网络推理之间的接口和网络分析方法。目前,网络推理包括熊猫包有3个方法及其优化的实现水獭(网络重建使用多重的生物学证据),母狮(single-sample网络推理),白鹭(genotype-specific网络)。网络分析方法包括秃鹫(社区检测),羊驼(微分社区检测),起重机(微分模块的意义估计),怪物(估计网络过渡状态)。此外,纱允许过程基因expresssion数据组织分析和水鹿推断缺失突变数据基于路径信息。

作者:本Marouen Guebila (aut (cre)田,王(aut)约翰·Platig (aut) Marieke Kuijjer (aut),此举使Padi (aut),瑞Burkholz (aut), Des Weighill (aut),凯特Shutta (aut)

维护人员:本Marouen Guebila < marouen.b。在gmail.com guebila >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“netZooR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	秃鹰
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GeneRegulation,GraphAndNetwork,微阵列,网络,NetworkInference,软件,转录
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0), igraph,网状,pandaR,纱,matrixcalc
进口	RCy3viridisLite,STRINGdb,Biobase,GOstats,AnnotationDbimatrixStats,GO.db,org.Hs.eg.db、矩阵、gplots nnet,数据。表、素食统计,跑龙套,重塑reshape2,惩罚,平行,doParallel, foreach, ggplot2, ggdendro,电网质量,为了,tidyr,方法,dplyr、图形
链接
建议	testthat(> =魅惑,knitr rmarkdown pkgdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/netZoo/netZooRhttps://netzoo.github.io/
BugReports	https://github.com/netZoo/netZooR/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	netZooR_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	netZooR_1.5.0.zip
macOS二进制(x86_64)	netZooR_1.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)	netZooR_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netZooR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ netZooR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/netZooR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/netZooR/
包下载报告	下载数据