NetSmooth

doi：10.18129/b9.bioc.netsmooth

这是发展NetSmooth的版本；对于稳定版本，请参阅NetSmooth。

scrnaseq的网络平滑

生物导体版本：开发（3.16）

NetSmooth是用于网络平滑单细胞RNA测序数据的R软件包。NetSmooth使用诸如蛋白质 - 蛋白质相互作用的生物网络作为基因共表达的先验，从而改善了噪音，稀疏的SCRNASEQ数据的细胞类型识别。

作者：Jonathan Ronen [AUT，CRE]，Altuna Akalin [AUT]

维护者：jonathan ronen

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ netsmooth”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ NetSmooth”）

html	R脚本	PPI图的产生
html	R脚本	NetSmooth示例
PDF		参考手册

细节

生物浏览	聚类，，，，维度，，，，基因表达，，，，GraphandNetwork，，，，网络，，，，正常化，，，，预处理，，，，rnaseq，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录组学
版本	1.17.0
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（4年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.5），评分（> = 1.15.11），簇发酵（> = 2.1.6）
进口	熵，，，，总结性特征，，，，Singlecellexperiment，，，，矩阵，，，，簇，，，，Data.Table，统计，方法，延迟，，，，HDF5Array（> = 1.15.13）
链接
建议	尼特，，，，测试，，，，RTSNE，，，，Biomart，，，，Igraph，，，，StringDB，，，，NMI，，，，pheatmap，，，，GGPLOT2，，，，生物使用，，，，rmarkDown，，，，生物比较，，，，UWOT
系统要求
增强
URL	https://github.com/bimsbbioinfo/netsmooth
BugReports	https://github.com/bimsbbioinfo/netsmooth/issues
取决于我
进口我
建议我	netdx
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	netsmooth_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	netsmooth_1.17.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netsmooth
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/netsmooth
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/netsmooth/
软件包下载报告	下载统计