netOmics

DOI:10.18129 / B9.bioc.netOmics

这是发展netOmics版本;稳定的发布版本,请参阅netOmics。

Multi-Omics(时间进程)基于网络的集成和解释

Bioconductor版本:发展(3.17)

netOmics multi-omics网络建设者和探险家。它使用网络推理算法和基于知识的结合图构建多层次的网络。包可以结合timeOmics合并数据和时间进程表达式从multi-omics构建子网动态集群。最后,从生成multi-omics网络传播分析允许识别丢失的生物功能(1)(2)multi-omics机制和分子动力学之间的集群(3)。这有助于解决复杂的监管机制。

作者:安东尼Bodein (aut (cre)

维护人员:安东尼Bodein < antoine.bodein。1在ulaval.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“netOmics”)

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文档

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HTML	R脚本	netOmics
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GraphAndNetwork,网络,NetworkInference,软件,SystemsBiology,TimeCourse,WorkflowStep
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	dplyr,ggplot2,igraph,magrittr,minet,purrr,宠物猫,tidyr,AnnotationDbi,GO.db,RandomWalkRestartMH,gprofiler2、方法、统计数据
链接
建议	mixOmics,timeOmics,tidyverse,BiocStyle,testthat,covr,rmarkdown,knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/abodein/netOmics
BugReports	https://github.com/abodein/netOmics/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	netOmics_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	netOmics_1.5.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	netOmics_1.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netOmics
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ netOmics
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/netOmics/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/netOmics/
包下载报告	下载数据