netDx

DOI:10.18129 / B9.bioc.netDx

这是发展netDx版本;稳定版请参见netDx．

基于网络的患者分类器

Bioconductor版本:开发(3.17)

netDx是一种通用算法，用于从异构患者数据构建患者分类器。该方法将数据转换为特征级别的患者相似性网络。特征选择为每个类识别具有预测价值的特征。方法提供了通用的预测器设计和性能评估使用标准措施。netDx原生地将分子数据分组为路径级特征，并与Cytoscape连接以实现路径主题的网络可视化。有关方法详细信息，请参见:Pai等人(2019)。netDx:使用综合患者相似性网络进行可解释的患者分类。分子系统生物学。15,e8497

作者:Shraddha Pai [aut, cre]、Philipp Weber [aut]、Ahmad Shah [aut]、Luca Giudice [aut]、Shirley Hui [aut]、Anne Nøhr [ctb]、Indy Ng [ctb]、Ruth Isserlin [aut]、Hussam Kaka [aut]、Gary Bader [aut]

维护者:Shraddha Pai < Shraddha。Pai at utoronto.ca>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("netDx")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，分类，网络，软件，SystemsBiology
版本	1.11.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	MIT +文件许可
取决于	R (>= 3.6)
进口	ROCR，pracma，ggplot2，glmnet，igraph，reshape2，并行，统计，utils，MultiAssayExperiment，图形，grDevices，方法，BiocFileCache，GenomicRanges，bigmemory，doParallel，foreach，combinat，rappdirs，GenomeInfoDb，S4Vectors，IRanges，RColorBrewer，Rtsne，httr，plotrix
链接
建议	curatedTCGAData，rmarkdown，testthat，knitr，BiocStyle，RCy3，clusterExperiment，netSmooth，嘘
SystemRequirements
增强了
URL	http://netdx.org
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

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源包
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netDx
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/netDx
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/netDx/
软件包下载报告	下载数据