nearBynding

DOI:10.18129 / B9.bioc.nearBynding

这是发展版本的nearBynding;稳定发布版本请参见nearBynding．

辨别RNA结构靠近蛋白质结合

Bioconductor版本:开发(3.16)

提供一个管道，以识别在用户定义的转录组区域内蛋白质结合位点附近的RNA结构。CLIP蛋白结合数据可以输入为对齐的BAM或称为峰值的bedGraph文件。RNA结构可以从序列内部预测，或者用户可以选择输入他们自己的RNA结构数据。RNA结构结合谱可以通过多种格式进行可视化和定量比较。

作者:Veronica Busa

维护者:Veronica Busa

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("nearBynding")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“nearBynding”)

PDF	R脚本	nearBynding装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DataRepresentation，MotifDiscovery，MultipleComparison，软件，StructuralPrediction，可视化
版本	1.7.0
在Bioconductor公司	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0)
进口	R.utils，matrixStats，plyranges，运输，Rsamtools，S4Vectors， grDevices，图形，rtracklayer，dplyr，GenomeInfoDb、方法、GenomicRanges， utils, stats，magrittr，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，ggplot2，gplots，BiocGenerics，rlang
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements	bedtools (> = 2.28.0), Stereogene (> = v2.22), CapR (> = 1.1.1)
增强了
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进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	nearBynding_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	nearBynding_1.7.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	nearBynding_1.7.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/nearBynding
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/nearBynding
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/nearBynding/
软件包下载报告	下载数据