ndexr

DOI:10.18129 / B9.bioc.ndexr

这是发展ndexr版本;稳定的发布版本,请参阅ndexr

NDEx R客户端库

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个包提供了一个接口NDEx服务器,如公共服务器http://ndexbio.org/。它可以通过API检索和保存网络。网络是提供作为RCX对象和igraph表示。

作者:Florian奥尔<弗洛里安。奥尔informatik.uni-augsburg.de >,弗兰克·克雷默在informatik.uni-augsburg.de > < frank.kramer,亚历克斯Ishkin <亚历山大。ishkin thomsonreuters.com >,德克斯特普拉特< depratt ucsc.edu >

维护人员:Florian奥尔<弗洛里安。奥氏小体在informatik.uni-augsburg.de >

从内部引用(R,回车引用(“ndexr”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ndexr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ndexr”)

HTML R脚本 NDExR装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DataImport,网络,通路,软件
版本 1.21.0
Bioconductor自 BioC 3.6 (r - 3.4)(5年)
许可证 BSD_3_clause
取决于 RCX
进口 httr,jsonlite,plyr,tidyr
链接
建议 BiocStyle,testthat,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/frankkramer-lab/ndexr
BugReports https://github.com/frankkramer-lab/ndexr/issues
取决于我
进口我
建议我 netgsa
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 ndexr_1.21.0.tar.gz
Windows二进制 ndexr_1.21.0.zip
macOS二进制(x86_64) ndexr_1.21.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ndexr
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ndexr
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/ndexr/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ndexr/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
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