ndexr

DOI:10.18129 / B9.bioc.ndexr

这是发展ndexr版本;稳定的发布版本,请参阅ndexr。

NDEx R客户端库

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个包提供了一个接口NDEx服务器,如公共服务器http://ndexbio.org/。它可以通过API检索和保存网络。网络是提供作为RCX对象和igraph表示。

作者:Florian奥尔<弗洛里安。奥尔informatik.uni-augsburg.de >,弗兰克·克雷默在informatik.uni-augsburg.de > < frank.kramer,亚历克斯Ishkin <亚历山大。ishkin thomsonreuters.com >,德克斯特普拉特< depratt ucsc.edu >

维护人员:Florian奥尔<弗洛里安。奥氏小体在informatik.uni-augsburg.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ndexr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ndexr”)

HTML	R脚本	NDExR装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,网络,通路,软件
版本	1.21.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5年)
许可证	BSD_3_clause
取决于	RCX
进口	httr,jsonlite,plyr,tidyr
链接
建议	BiocStyle,testthat,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/frankkramer-lab/ndexr
BugReports	https://github.com/frankkramer-lab/ndexr/issues
取决于我
进口我
建议我	netgsa
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ndexr_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	ndexr_1.21.0.zip
macOS二进制(x86_64)	ndexr_1.21.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ndexr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ndexr
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ndexr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ndexr/
包下载报告	下载数据