mzR

DOI:10.18129 / B9.bioc.mzR

这是发展mzR版本;稳定的发布版本请参见mzR。

netCDF, mzXML, mzData和mzML和mzIdentML文件的解析器(质谱数据)

生物导体版本:开发(3.13)

mzR为常用文件格式和质谱数据解析器提供了统一的API。它附带了用于质谱mzXML、mzData和mzML文件的ISB随机访问解析器的包装器。该包包含ISB编写的原始代码，以及用于mzML和mzIdentML的proteowizard库的一个子集。netCDF读取代码以前在XCMS中使用过。

作者:Bernd Fischer, Steffen Neumann, Laurent Gatto, Qiang Kou, Johannes Rainer

维维者:Steffen Neumann < snoinemann at ipb-halle.de>， Laurent Gatto < Laurent。与uclouvain。be>， Qiang Kou

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("mzR")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“mzR”)

超文本标记语言	R脚本	获取原始质谱和鉴定数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,ImmunoOncology,基础设施,MassSpectrometry,代谢组学,蛋白质组学,软件
版本	2.25.4
Bioconductor自	BioC 2.9 (R-2.14)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Rcpp(>= 0.10.1)，方法，utils
进口	Biobase,BiocGenerics(> = 0.13.6),ProtGenerics(> = 1.17.3),ncdf4
链接	Rcpp,zlibbioc,Rhdf5lib(> = 1.1.4)
建议	msdata(> = 0.15.1),RUnit,mzID,BiocStyle(> = 2.5.19),knitr,XML,rmarkdown
SystemRequirements	GNU c++ 11日
增强了
URL	https://github.com/sneumann/mzR/
BugReports	https://github.com/sneumann/mzR/issues/
取决于我	MSGFgui,MSnbase,蛋白质组学
进口我	adductomicsR,自动调谐,CluMSID,DIAlignR,MSnID,msPurity,peakPantheR,ProteomicsAnnotationHubData,RMassBank,SIMAT,topdownr,xcms,山药
建议我	AnnotationHub,msdata,qcmetrics,RforProteomics,光谱
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	mzR_2.25.4.tar.gz
Windows二进制	mzR_2.25.4.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	mzR_2.25.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mzR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ mzR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mzR/
包下载报告	下载数据