马斯喀特

DOI:10.18129 / B9.bioc.muscat

这是发展马斯喀特版本;稳定版请参见马斯喀特

多样本多组scRNA-seq数据分析工具

Bioconductor版本:开发(3.16)

“muscat”为多样本、多组、多(细胞)亚群体scRNA-seq数据的DS分析提供了各种方法和可视化工具,包括基于聚合“伪体”数据的细胞级混合模型和方法,以及一个灵活的模拟单样本和多样本scRNA-seq数据的仿真平台。

作者:Helena L. Crowell [aut, cre], Pierre-Luc Germain [aut], Charlotte Soneson [aut], Anthony Sonrel [aut], Mark D. Robinson [aut, fnd]

维护者:Helena L. Crowell < Helena at Crowell .eu>

引文(从R内,输入引用(“马斯喀特”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("muscat")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“马斯喀特”)

超文本标记语言 R脚本 1.DS分析
超文本标记语言 R脚本 2.数据模拟
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpressionImmunoOncology测序SingleCell软件StatisticalMethod可视化
版本 1.11.2
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.2)
进口 BiocParallelblmeComplexHeatmapdata.tableDESeq2dplyr刨边机ggplot2glmmTMB, grDevices,网格,limmalmerTestlme4矩阵matrixStats、方法、进步purrrS4Vectors尺度天窗sctransform统计数据,SingleCellExperimentSummarizedExperimentvariancePartition冬青
链接
建议 BiocStylecountsimQCcowplotExperimentHubiCOBRAknitrphylogramRColorBrewerreshape2rmarkdownstatmodtestthatUpSetR
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/HelenaLC/muscat
BugReports https://github.com/HelenaLC/muscat/issues
全靠我
进口我
建议我 muscData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 muscat_1.11.2.tar.gz
Windows二进制 muscat_1.11.2.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) muscat_1.11.2.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/muscat
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/muscat
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/muscat/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网