马斯喀特

DOI:10.18129 / B9.bioc.muscat

这是发展马斯喀特版本;稳定版请参见马斯喀特．

多样本多组scRNA-seq数据分析工具

Bioconductor版本:开发(3.16)

“muscat”为多样本、多组、多(细胞)亚群体scRNA-seq数据的DS分析提供了各种方法和可视化工具，包括基于聚合“伪体”数据的细胞级混合模型和方法，以及一个灵活的模拟单样本和多样本scRNA-seq数据的仿真平台。

作者:Helena L. Crowell [aut, cre]， Pierre-Luc Germain [aut]， Charlotte Soneson [aut]， Anthony Sonrel [aut]， Mark D. Robinson [aut, fnd]

维护者:Helena L. Crowell < Helena at Crowell .eu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("muscat")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“马斯喀特”)

超文本标记语言	R脚本	1.DS分析
超文本标记语言	R脚本	2.数据模拟
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，ImmunoOncology，测序，SingleCell，软件，StatisticalMethod，可视化
版本	1.11.2
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.2)
进口	BiocParallel，blme，ComplexHeatmap，data.table，DESeq2，dplyr，刨边机，ggplot2，glmmTMB， grDevices，网格，limma，lmerTest，lme4，矩阵，matrixStats、方法、进步，purrr，S4Vectors，尺度，嘘，天窗，sctransform统计数据,SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，variancePartition，冬青
链接
建议	BiocStyle，countsimQC，cowplot，ExperimentHub，iCOBRA，knitr，phylogram，RColorBrewer，reshape2，rmarkdown，statmod，testthat，UpSetR
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/HelenaLC/muscat
BugReports	https://github.com/HelenaLC/muscat/issues
全靠我
进口我
建议我	muscData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	muscat_1.11.2.tar.gz
Windows二进制	muscat_1.11.2.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	muscat_1.11.2.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/muscat
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/muscat
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/muscat/
软件包下载报告	下载数据