Multicrispr

doi：10.18129/b9.bioc.multicrispr

这是发展MultiCrispr的版本；对于稳定版本，请参阅Multicrispr。

多洛克斯多功能CRISPR/CAS Design

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包用于设计CRISPR/CAS9和主要编辑实验。它包含（1）定义和转换基因组靶标的功能，（2）查找垫片（4）计数Offtarget（MIS）匹配项，并且（5）计算DOENCH2016/2014目标靶向效率。已注意MulticRispr可以很好地扩展到大型目标集，从而实现了大型CRISPR/CAS9库的设计。

作者：Aditya Bhagwat [AUT，CRE]，Rene Wiegandt [CTB]，Mette Bentsen [CTB]，Jens Preussner [CTB]，Michael Lawrence [CTB]，HervéPagès，Johannes Graumannes Graumann [Sad]，Mario Looso [Mario Looso [Mario Looso]，rth]

维护者：aditya bhagwat

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ multicrispr”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ MultiCrispr”）

html	R脚本	Genome_arithmetics
html	R脚本	grna_design
html	R脚本	Prime_editing
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	CRISPR，，，，软件
版本	1.7.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（2年）
执照	GPL-2
要看	R（> = 4.0）
进口	断言的，，，，生物基因，，，，生物弦，，，，BSGENOME，，，，CRISPRSEEK，，，，Data.Table，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，GGPLOT2， 网格，核粒子，，，，马格里特，方法，并行，plyranges，，，，rbowtie，，，，网状，，，，rtracklayer，统计Stringi，，，，花花公子，，，，tidyselect，UTILS
链接
建议	AnnotationHub，，，，生物使用，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10，，，，BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER1，，，，Ensembldb，，，，iranges，，，，尼特，，，，魔术，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene
系统要求
增强
URL	https://github.com/loosolab/multicrispr
BugReports	https://github.com/loosolab/multicrispr/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	MULTICRISPR_1.7.0.TAR.GZ
Windows二进制	MULTICRISPR_1.7.0.ZIP
MacOS 10.13（高山脉）	MULTICRISPR_1.7.0.TGZ
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multicrispr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/multicrispr
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/multicrispr/
软件包下载报告	下载统计