msmsTests

DOI:10.18129 / B9.bioc.msmsTests

这是发展msmsTests的版本;稳定版请参见msmsTests．

LC-MS/MS差异表达测试

Bioconductor版本:开发(3.16)

通过光谱计数对无标签LC-MS/MS数据进行统计测试，以发现两种生物条件下的差异表达蛋白。有三种测试可用:泊松GLM回归、准似然GLM回归和edgeR包的负二项式。这三个模型都承认阻塞因素可以控制讨厌变量。为了确保良好的重现性水平，可以使用后测过滤器，其中我们可以设置被认为与生物学相关的最小效应量，以及最丰富条件的最小表达。

作者:约瑟普·格雷戈里、亚历克斯·桑切斯和约瑟普·维兰纽瓦

维护者:Josep Gregori Font < Josep。格雷戈里在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("msmsTests")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“msmsTests”)

PDF	R脚本	msmsTests:通过阻塞控制批处理效果
PDF	R脚本	msmsTests:测试后过滤器，以提高再现性
PDF		参考手册

细节

biocViews	ImmunoOncology，MassSpectrometry，蛋白质组学，软件
版本	1.35.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(9年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.0.1)，MSnbase，msmsEDA
进口	刨边机，qvalue
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	MSnID
建议我	RforProteomics
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	msmsTests_1.35.0.tar.gz
Windows二进制	msmsTests_1.35.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	msmsTests_1.35.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	msmsTests_1.35.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msmsTests
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/msmsTests
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/msmsTests/
软件包下载报告	下载数据