mslp

DOI:10.18129 / B9.bioc.mslp

这是发展mslp版本;稳定的发布版本,请参阅mslp。

预测合成致命的肿瘤突变的合作伙伴

Bioconductor版本:发展(3.17)

一个集成的管道来预测肿瘤的潜在合成杀伤力伙伴(slp)突变,基于基因表达、突变分析和细胞系的遗传屏幕数据。它已经从cBioPortal builtd-in支持数据。主方案得到关联muations WT和补偿的损失函数的突变是随机森林预测的方法(GENIE3)和排名的产品,分别。的遗传屏幕用来identfy共识得到摄动时导致降低细胞生存能力。

作者:Chunxuan邵(aut (cre)

维护人员:Chunxuan邵< c。邵在dkfz-heidelberg.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“mslp”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“mslp”)

HTML	R脚本	mslp
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	遗传药理学,药物基因组学,软件
版本	1.1.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0),data.table(> = 1.13.0)
进口	doRNG,fmsb,foreach,magrittr,org.Hs.eg.db,pROC,randomForest,RankProd统计,跑龙套
链接
建议	doFuture,未来,knitr,rmarkdown,roxygen2,tinytest
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	mslp_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	mslp_1.1.0.zip
macOS二进制(x86_64)	mslp_1.1.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mslp
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ mslp
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mslp/
包下载报告	下载数据