msgbsR

DOI:10.18129 / B9.bioc.msgbsR

这是发展msgbsR版本;稳定的发布版本请参见msgbsR。

msgbsR:甲基化敏感基因分型测序(MS-GBS) R功能

生物导体版本:开发(3.14)

用于MS-GBS实验分析的管道。

作者:本杰明·梅恩

维护人员:Benjamin Mayne < Benjamin。梅恩在adelaide.edu.au >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("msgbsR")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“msgbsR”)

PDF	R脚本	msgbsR_Example
PDF		参考手册

细节

biocViews	DataImport,DifferentialMethylation,表观遗传学,ImmunoOncology,MethylSeq,软件
版本	1.17.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.4),GenomicRanges、方法
进口	BSgenome,easyRNASeq,刨边机,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomeInfoDb,ggbio,ggplot2,IRanges平行,plyr,Rsamtools,R.utils统计数据,SummarizedExperiment,S4Vectors,跑龙套
链接
建议	roxygen2, BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn6
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	msgbsR_1.17.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	msgbsR_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msgbsR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ msgbsR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/msgbsR/
包下载报告	下载数据