msa

DOI:10.18129 / B9.bioc.msa

这是发展msa的版本;稳定的发布版本,请参阅msa。

多序列比对

Bioconductor版本:发展(3.18)

msa的包提供了一个统一的R / Bioconductor接口多序列比对算法ClustalW ClustalOmega和肌肉。所有三个算法集成在包,因此,他们不依赖于任何外部软件工具,可用于所有主要平台。多重序列比对算法辅以精细打印多个函数使用乳胶包TeXshade序列比对。

作者:恩里科Bonatesta Christoph Horejs-Kainrath,乌尔里希Bodenhofer

维护人员:乌尔里希Bodenhofer < Bodenhofer在bioinf.jku.at >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(msa)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (msa)

PDF	R脚本	msa - R包多重序列比对
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,MultipleComparison,MultipleSequenceAlignment,测序,软件
版本	1.33.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(8年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.3.0)、方法Biostrings(> = 2.40.0)
进口	Rcpp (> = 0.11.1),BiocGenerics,IRanges(> = 1.20.0),S4Vectors、工具
链接	Rcpp
建议	Biobase,seqinr knitr phangorn猿(> = 5.1)
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/msa/
取决于我
进口我	LymphoSeq,odseq,surfaltr
建议我	idpr
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	msa_1.33.0.tar.gz
Windows二进制	msa_1.33.0.zip
macOS二进制(x86_64)	msa_1.33.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msa
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ msa
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/msa/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/msa/
包下载报告	下载数据