msImpute

DOI:10.18129 / B9.bioc.msImpute

这是发展msImpute版本;稳定的发布版本,请参阅msImpute。

label-free质谱肽的污名

Bioconductor版本:发展(3.17)

MsImpute是归责的包肽强度的蛋白质组学实验。它还包含工具3月/ MNAR扭曲的诊断和评估的概率分布数据归责。缺失的值是由底层数据矩阵的低秩近似估算如果他们3月(方法=“v2”),通过重心方法如果missingness MNAR (“v2-mnar”),或通过肽身份传播(PIP)。

作者:Soroor Hediyeh-zadeh (aut (cre)

维护人员:Soroor Hediyeh-zadeh < hediyehzadeh。年代在wehi.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“msImpute”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“msImpute”)

HTML	R脚本	msImpute:蛋白质组学缺失值归责和诊断
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	MassSpectrometry,蛋白质组学,软件
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	softImpute、方法、数据、图形、pdist,网状,食物,data.table,模糊神经网络,matrixStats,limma,mvtnorm,tidyr,dplyr
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,ComplexHeatmap,imputeLCMD
SystemRequirements	python
增强了
URL
BugReports	https://github.com/DavisLaboratory/msImpute/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	msImpute_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	msImpute_1.9.0.zip
macOS二进制(x86_64)	msImpute_1.9.0.tgz
macOS二进制(arm64)	msImpute_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msImpute
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ msImpute
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/msImpute/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/msImpute/
包下载报告	下载数据