motifcounter

DOI:10.18129 / B9.bioc.motifcounter

这是发展motifcounter版本;稳定版请参见motifcounter．

用于分析DNA序列中的TFBSs的R包

Bioconductor版本:开发(3.17)

'motifcounter'提供基于位置频率矩阵的motif匹配、motif计数和motif丰富功能。该包的主要特点包括利用高阶背景模型和在确定motif富集时考虑自重叠motif匹配。背景模型允许充分捕获二核苷酸(或高阶核苷酸)组成，与使用简单的GC背景模型相比，这可能会减少模型偏差和误导性结果。当基于motif匹配计数进行motif富集分析时，该包依赖于复合泊松分布或组合模型。这些分布解释了自重叠motif结构，例如重复或回文motif，并允许确定一组观察到的motif匹配的p值和折叠富集。

作者:沃尔夫冈·科普[aut, cre]

维护者:Wolfgang Kopp < Wolfgang。柯普在mdc-berlin.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("motifcounter")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“motifcounter”)

超文本标记语言	R脚本	介绍' motifcounter '包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	MotifAnnotation，SequenceMatching，软件，转录
版本	1.23.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(6年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.0)
进口	Biostrings、方法
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，MotifDb，seqLogo，prettydoc
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	motifcounter_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	motifcounter_1.23.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	motifcounter_1.23.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	motifcounter_1.23.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifcounter
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/motifcounter
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/motifcounter/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/motifcounter/
软件包下载报告	下载数据