Motifbreakr
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
doi：10.18129/b9.bioc.motifbreakr
这是发展Motifbreakr的版本；对于稳定版本，请参阅Motifbreakr。
用于预测转录因子结合位点上单核苷酸多态性的破坏性的包装
生物导体版本：开发（3.16）
我们介绍了Motifbreakr，该主题允许生物学家首先判断多态性的序列是否是一个很好的匹配，而第二个相对于另一个多态性的等位基因，获得或丢失了多少信息。在以前的产品中，Motifbreakr既灵活又可扩展。提供了用户可以选择的公共资源图案的基因组询问算法的选择；这些是1）加权和概率矩阵，2）对数概率和3）通过相对熵加权。Motifbreakr可以预测公共数据库中新颖或先前描述的变体的效果，使其适合其原始设计范围之外的任务。最后，它可以用来询问生物导体中策划的任何基因组（目前有32种，共有109个版本）。
作者：Simon Gert Coetzee [AUT，CRE]，Dennis J. Hazelett [AUT]
维护者：Simon Gert Coetzee
引用（从r内，输入引用（“ Motifbreakr”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ motifbreakr”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Motifbreakr”）
| html | R脚本 | Motifbreakr：介绍 |
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | chipseq，，，，图案，，，，软件，，，，转录，，，，可视化 |
| 版本 | 2.11.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.2（R-3.2）（6。5年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | r（> = 4.1.0），网格，主题 |
| 进口 | 方法，grdevices，Stringr， 平行，生物基因，，，，S4VECTORS（> = 0.9.25），iranges，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，生物弦，，，，BSGENOME，，，，rtracklayer，，，，变体，，，，生物比较，，，，Motifstack，，，，GVIZ，，，，矩阵，，，，TFMPVALUE，，，，总结性特征 |
| 链接 | |
| 建议 | bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER7，，，，生物使用 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/simon-coetzee/motifbreakr/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | Motifbreakr_2.11.0.tar.gz |
| Windows二进制 | Motifbreakr_2.11.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | Motifbreakr_2.11.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifbreakr |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/图案 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/motifbreakr/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
