motifStack

DOI:10.18129 / B9.bioc.motifStack

这是发展motifStack版本;稳定的发布版本,请参阅motifStack。

情节堆叠标识为单个或多个DNA, RNA和氨基酸序列

Bioconductor版本:发展(3.17)

motifStack包是专为多个主题和不同的相似性得分的图形表示。它的工作原理与DNA / RNA序列基序和氨基酸序列基序。此外,它为用户提供了灵活的自定义图形参数,比如字体类型和颜色的象征。

作者:Jianhong Ou,苏格兰人迈克尔•布罗斯基沃尔夫和丽华朱莉朱

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“motifStack”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“motifStack”)

HTML	R脚本	motifStack装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,ChIPSeq,ChIPchip,DataImport,微阵列,MotifAnnotation,SequenceMatching,测序,软件,可视化
版本	1.43.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(10.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 2.15.1)、方法、网格
进口	ade4,Biostrings,ggplot2grDevices图形,htmlwidgets、统计、stats4跑龙套,XML,TFBSTools
链接
建议	grImport,grImport2,BiocGenerics,MotifDb,RColorBrewer,BiocStyle,knitr,RUnit,rmarkdown,JASPAR2020
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	generegulation
进口我	ATACseqQC,atSNP,dagLogo,LowMACA,motifbreakR,ribosomeProfilingQC,TCGAWorkflow
建议我	ChIPpeakAnno,TFutils,trackViewer,tripr,universalmotif
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	motifStack_1.43.0.tar.gz
Windows二进制	motifStack_1.43.0.zip
macOS二进制(x86_64)	motifStack_1.43.0.tgz
macOS二进制(arm64)	motifStack_1.43.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifStack
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ motifStack
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/motifStack/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/motifStack/
包下载报告	下载数据