mosbi

DOI:10.18129 / B9.bioc.mosbi

这是发展mosbi版本;稳定的发布版本,请参阅mosbi。

使用Biclustering分子签名识别

Bioconductor版本:发展(3.18)

这个包是biclustering合奏的实现方法MoSBi从biclustering(分子签名识别)。MoSBi提供标准化接口biclustering结果,可以将他们的研究结果与multi-algorithm合奏的方法来计算健壮的合奏biclusters分子组学数据。这是通过计算相似度的biclusters和过滤网络重叠使用一个定制的误差模型。之后,鲁汶模块化它用来提取bicluster相似性网络社区,它可以转化为合奏biclusters。此外,MoSBi包括几个网络可视化方法给一个直观的、可伸缩的结果的概述。MoSBi附带几个biclustering算法,但是可以很容易地扩展到新的biclustering算法。

作者:蒂姆·丹尼尔·罗斯(cre, aut) Josch康斯坦丁·鲍林(aut),尼古拉·克勒(aut)

维修工:蒂姆·丹尼尔玫瑰<蒂姆。玫瑰在wzw.tum.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“mosbi”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“mosbi”)

HTML	R脚本	样例流程
HTML	R脚本	similarity-metrics-evaluation
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,网络,软件,StatisticalMethod
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	AGPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	黑洞,Rcpp xml2、方法igraph,fabia。,biclust RcppParallel isa2,QUBIC、akmbiclust RColorBrewer
链接	黑洞,Rcpp RcppParallel
建议	knitr rmarkdown,BiocGenerics,runibic,BiocStyletestthat (> = 3.0.0)
SystemRequirements	GNU c++ 17日
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	mosbi_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	mosbi_1.7.0.zip
macOS二进制(x86_64)	mosbi_1.7.0.tgz
macOS二进制(arm64)	mosbi_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mosbi
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ mosbi
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/mosbi/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mosbi/
包下载报告	下载数据