马赛克

DOI:10.18129 / B9.bioc.mosaics

这是发展马赛克的版本;稳定的发布版本请参见马赛克。

基于模型的ChIP-Seq一、两个样本分析与推断

生物导体版本:开发(3.13)

该包提供了拟合MOSAiCS和MOSAiCS- hmm的功能，MOSAiCS- hmm是一个统计框架，用于分析转录因子结合和组蛋白修饰的单样本或双样本ChIP-seq数据。

作者:钟东军，裴芬宽，Rene Welch, Sunduz Keles

维护者:钟东俊<东俊。钟在gmail.com >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("mosaics")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“马赛克”)

PDF	R脚本	马赛克
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	生物信息学,ChIPseq,遗传学,测序,软件,转录
版本	2.29.0
Bioconductor自	BioC 2.8 (R-2.13)(10年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(>= 3.0.0)，方法，图形，Rcpp
进口	质量样条函数,晶格,IRanges,GenomicRanges,GenomicAlignments,Rsamtools,GenomeInfoDb,S4Vectors
链接	Rcpp
建议	mosaicsExample
SystemRequirements	Perl
增强了	平行
URL	http://groups.google.com/group/mosaics_user_group
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	mosaics_2.29.0.tar.gz
Windows二进制	mosaics_2.29.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	mosaics_2.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mosaics
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/马赛克
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mosaics/
包下载报告	下载数据