单片

DOI：10.18129 / b9.bioc.monosple.

这是发展Monocle版本;对于稳定的版本版本，请参阅单片。

单细胞RNA-SEQ的聚类，差异表达和轨迹分析

Bioconducts版本：开发（3.14）

单片机对单细胞表达实验进行差异表达和时间序列分析。它根据生物过程命令单个细胞通过生物学过程，而不是提前知道基因通过该过程定义进展的时间。Monocle还在单个小区表达式数据上执行差异表达分析，群集，可视化和其他有用的任务。它旨在使用RNA-SEQ和QPCR数据，但也可以与其他类型一起使用。

作者：COLE TRAPNELL

维护者：COLE TRAPNELL

安装

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if（！qualocmanage（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）＃下面初始化buoc devel biocmanager :: install的使用（版本='devel'）biocmanager :: install（“monocle”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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PDF.	r script.	单孔：单细胞RNA-SEQ实验的细胞计数，差异表达和轨迹分析
PDF.		参考手册
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细节

Biocviews.	聚类那DataImport.那datarepresentation那不同的亚兴那基因表达那免疫学那基础设施那多匹匹莫森那QualityControl.那rnaseq.那测序那软件那可视化
版本	2.21.0
在生物导体中以来	BIOC 3.0（R-3.1）（6.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	R（> = 2.10.0），方法，矩阵（> = 1.2-6），BioBase.那ggplot2.（> = 1.0.0），vgam.（> = 1.0-6），ddrtree（> = 0.1.4）
进口	平行，iGraph.（> = 1.0.1），生物根系，hsmmsinglecell（> = 0.101.5），普利尔那簇那COMBINAT.那快餐， 网格，IRLBA.（> = 2.0.0），MatrixStats.那denysclust.（> = 0.3），RTSNE.那大量的那重塑2.那林马那娇媚那dplyr.那qlcmatrix.那Pheatmap.那stringr.那代理人那sl那viridis.，统计，Biocviews.那拉恩（> = 2.5），rcpp.（> = 0.12.0）
链接到	rcpp.
建议	命运那HMISC.那kn那Seurat.那撒尿那testthat.
系统要求
加强
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取决于我	西塞罗那ctggem.那PHEMD.
进口我	TRADESEQ.那Usort.
建议我	M3Drop.那斯那sinc
链接给我
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包档案包

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源包	monocle_2.21.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）	monocle_2.21.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/monocle.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/单孔
包短网址	https://biocumon.org/packages/monocle/
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