蒙娜丽莎

DOI:10.18129 / B9.bioc.monaLisa

这是发展monaLisa版本;稳定版请参见蒙娜丽莎．

Binned Motif富集分析与可视化

Bioconductor版本:开发(3.17)

在基因组学数据分析中使用序列基序的有用函数。这些包括用预测的基序命中注释基因组区域或序列的方法，以及识别驱动可及性或表达中观察到的变化的基序。还提供了生成所获得结果的信息可视化的函数。

作者:Dania Machlab [aut]，卢卡斯·伯格[aut]，夏洛特·森森[aut]，迈克尔·施塔德勒[aut, cre]

维护者:Michael Stadler < Michael。斯塔德勒在fmi.ch>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("monaLisa")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“蒙娜丽莎”)

超文本标记语言	R脚本	monaLisa -主题分析与丽莎
超文本标记语言	R脚本	selecting_motifs_with_randLassoStabSel
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文本		新闻

细节

biocViews	表观遗传学，FeatureExtraction，MotifAnnotation，软件，可视化
版本	1.5.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 4.1)
进口	方法，统计，utils, grDevices，图形，BiocGenerics，GenomicRanges，TFBSTools，Biostrings，IRanges，刺穿了，BSgenome，glmnet，S4Vectors，SummarizedExperiment，BiocParallel、网格circlize，ComplexHeatmap(> = 2.11.1),XVector，GenomeInfoDb、工具、vioplot
链接
建议	JASPAR2020，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，knitr，rmarkdown，testthat，BiocStyle，gridExtra
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/fmicompbio/monaLisa//www.anjoumacpherson.com/packages/monaLisa/https://fmicompbio.github.io/monaLisa/
BugReports	https://github.com/fmicompbio/monaLisa/issues
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进口我
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	monaLisa_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	monaLisa_1.5.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	monaLisa_1.5.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	monaLisa_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/monaLisa
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/monaLisa
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/monaLisa/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/monaLisa/
软件包下载报告	下载数据