mnem

DOI:10.18129 / B9.bioc.mnem

这是发展mnem版本;稳定的发布版本,请参阅mnem。

嵌套的混合效应模型

Bioconductor版本:发展(3.16)

嵌套混合效应模型(mnem)是嵌套的延伸效应模型和允许的单细胞微扰分析方法提供的数据像Perturb-Seq(武断的话et al ., 2016)或Crop-Seq (Datlinger et al ., 2017)。在这些实验中每个许多细胞摄动的最低的一个特定的基因,即几个细胞由基因的可拆卸的摄动,几个基因B的混战,…等等。观察到的读出多性状和扰乱的情况下,为每个细胞/ Crop-Seq基因表达谱。mnem使用混合模型同时集群的细胞群为k集群和推断k为每个集群网络有着因果联系的摄动的基因。混合组件是推断通过期望最大化算法。

作者:马丁Pirkl (aut (cre)

维护人员:马丁Pirkl < martinpirkl在yahoo.de >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“mnem”)

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HTML	R脚本	mnem
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文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,CRISPR,DNASeq,GeneExpression,网络,NetworkInference,通路,PooledScreens,RNASeq,SingleCell,软件,SystemsBiology
版本	1.13.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	集群,图,Rgraphviz,flexclust,晶格,naturalsort,降雪stats4,tsne、方法、图形数据,跑龙套,Linnorm,data.table,Rcpp,RcppEigen,matrixStatsgrDevices,e1071,ggplot2,wesanderson
链接	Rcpp,RcppEigen
建议	knitr,devtools,rmarkdown,BiocGenerics,RUnit,epiNEM
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/cbg-ethz/mnem/
BugReports	https://github.com/cbg-ethz/mnem/issues
取决于我	nempi
进口我	bnem,dce,epiNEM
建议我
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包档案

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源包	mnem_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	mnem_1.13.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	mnem_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mnem
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ mnem
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mnem/
包下载报告	下载数据