mitoClone2

DOI:10.18129 / B9.bioc.mitoClone2

这是发展mitoClone2版本;稳定的发布版本,请参阅mitoClone2。

在单细胞克隆种群鉴定RNA-Seq数据使用线粒体和体细胞突变

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个包主要是确定的线粒体基因组变异BAM对齐文件。过滤这些变体去除RNA编辑事件然后估计他们的进化关系(即他们的种系发生树)和组单个细胞克隆。它还可视化提供额外的基因突变和上下文。

作者:本杰明故事(aut (cre), Lars Velten (aut),格雷戈尔Monke (aut)

维护人员:本杰明故事<故事。本杰明:gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“mitoClone2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“mitoClone2”)

HTML	R脚本	计算系统发育树和集群的突变
HTML	R脚本	变量调用
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,注释,DataImport,遗传学,单核苷酸多态性,SingleCell,软件
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	reshape2,GenomicRanges,pheatmap,deepSNVgrDevices图形,统计,跑龙套,S4Vectors,Rhtslib、并行、方法ggplot2
链接	Rhtslib(> = 1.13.1)
建议	knitr,rmarkdown,Biostrings,testthat
SystemRequirements	GNU, PhISCS(可选)
增强了
URL	https://github.com/benstory/mitoClone2
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	mitoClone2_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	mitoClone2_1.5.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	mitoClone2_1.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)	mitoClone2_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mitoClone2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ mitoClone2
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/mitoClone2/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mitoClone2/
包下载报告	下载数据