miloR

DOI:10.18129 / B9.bioc.miloR

这是发展miloR的版本;稳定版请参见miloR．

图上的微分邻域丰度检验

Bioconductor版本:开发(3.16)

Milo执行单细胞差异丰度测试。细胞状态被建模为最近邻图上的代表性邻域。假设检验使用负双项广义线性模型进行。

作者:Mike Morgan [aut, cre]， Emma Dann [aut, ctb]

维护者:Mike Morgan 上

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("miloR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“miloR”)

超文本标记语言	R脚本	用Milo进行差异丰度测试
超文本标记语言	R脚本	以米洛小鼠原肠形成为例进行差异丰度测试
超文本标记语言	R脚本	使用对比进行差异丰度测试
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	FunctionalGenomics，MultipleComparison，SingleCell，软件
版本	1.5.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.0.0)，刨边机
进口	BiocNeighbors，BiocGenerics，SingleCellExperiment，矩阵(1.3 > = 0),S4Vectors统计数据,stringr、方法、igraph，irlba，cowplot，BiocParallel，BiocSingular，limma，ggplot2，宠物猫，matrixStats，ggraph，gtools，SummarizedExperiment，拼接而成，tidyr，dplyr，ggrepel，ggbeeswarm，RColorBrewer, grDevices
链接
建议	testthat，质量，mvtnorm，嘘，食物，covr，knitr，rmarkdown，uwot，天窗，BiocStyle，MouseGastrulationData，MouseThymusAgeing，魔法，RCurl，旋度、图形
SystemRequirements
增强了
URL	https://marionilab.github.io/miloR
BugReports	https://github.com/MarioniLab/miloR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	miloR_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	miloR_1.5.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	miloR_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/miloR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/miloR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/miloR/
软件包下载报告	下载数据