midasHLA

DOI:10.18129 / B9.bioc.midasHLA

这是发展midasHLA版本;稳定的发布版本,请参阅midasHLA。

R包immunogenomics数据处理和关联分析

Bioconductor版本:发展(3.16)

迈达斯是一个R包免疫遗传学数据转换和统计分析。迈达斯接受输入数据的形式HLA等位基因和吉珥类型,并且可以将其转换为生物有意义的变量,使HLA氨基酸细映射,分析HLA进化趋异,吉珥基因的存在,以及验证HLA-KIR交互。此外,它允许全面统计协会分析工作流的表型不同的测量尺度。大富翁关闭之间的差距的推理及其有效利用免疫遗传的变异使T细胞的相关发现,自然杀伤细胞,生物学和疾病。

作者:基督教锤(aut) Maciej Migdał(aut (cre)

维护人员:Maciej Migdał< mcjmigdal gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“midasHLA”)

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文档

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HTML	R脚本	迈达斯快速启动
HTML	R脚本	MiDAS教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBiology,遗传学,软件,StatisticalMethod
版本	1.5.3
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1),MultiAssayExperiment(> = 1.8.3)
进口	为了(> = 0.2.0),扫帚(> = 0.5.1),dplyr(> = 0.8.0.1),formattable(> = 0.2.0.1),HardyWeinberg(> = 1.6.3),kableExtra(> = 1.1.0),knitr(> = 1.21),magrittr(> = 1.5)、方法stringi(> = 4),rlang(> = 0.3.1),S4Vectors(> = 0.20.1),统计数据,SummarizedExperiment(> = 1.12.0),宠物猫(> = 2.0.1),跑龙套,qdapTools(> = 1.3.3)
链接
建议	broom.mixed(> = 0.2.4),cowplot(> = 1.0.0),devtools(> = 2.0.1),ggplot2(> = 3.1.0),ggpubr(> = 0.2.5),rmarkdown,seqinr(> = 3.4 5),生存(2.43 > = 3),testthat(> = 2.0.1),tidyr(> = 1.1.2)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	midasHLA_1.5.3.tar.gz
Windows二进制	midasHLA_1.5.3.zip
macOS二进制(x86_64)	midasHLA_1.5.3.tgz
macOS二进制(arm64)	midasHLA_1.5.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/midasHLA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ midasHLA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/midasHLA/
包下载报告	下载数据