microbiomeMarker

DOI:10.18129 / B9.bioc.microbiomeMarker

这是发展microbiomemark版本;稳定版请参见microbiomeMarker．

微生物组生物标志物分析工具包

Bioconductor版本:开发(3.16)

迄今为止，已经开发了许多基于宏基因组谱的微生物组标记发现方法，例如LEfSe。然而，所有这些方法都有自己的优点和缺点，没有一种被认为是标准的或通用的。此外，不同的程序或软件可能使用不同的编程语言开发，甚至在不同的操作系统中。在这里，我们开发了一个一体化的R包microbiomemark，它集成了常用的差分分析方法以及三种基于机器学习的方法，包括Logistic回归、随机森林和支持向量机，以促进微生物组标记物的识别。

作者:杨操[aut, cre]

维护人员:Yang Cao < Cao Yang .name at gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("microbiomeMarker")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“microbiomeMarker”)

超文本标记语言	R脚本	微生物标记物鉴定工具
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，宏基因组，微生物组，软件
版本	1.3.1
在Bioconductor	BioC 3.14 (R-4.1)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	dplyr，phyloseq，magrittr，purrr，质量跑龙套,ggplot2，宠物猫，rlang统计数据,硬币，ggtree，tidytree、方法、IRanges，tidyr，拼接而成，ggsignif，metagenomeSeq，DESeq2，刨边机，BiocGenerics，Biostrings，yaml，biomformat，S4Vectors，Biobase，ComplexHeatmap，ANCOMBC，脱字符号，limma，ALDEx2，乘，plotROC，素食主义者，pROC，BiocParallel
链接
建议	testthat，covr，glmnet，矩阵，kernlab，e1071，管理员，knitr，rmarkdown，BiocStyle，withr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/yiluheihei/microbiomeMarker
BugReports	https://github.com/yiluheihei/microbiomeMarker/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	microbiomeMarker_1.3.1.tar.gz
Windows二进制	microbiomeMarker_1.3.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/microbiomeMarker
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/microbiomeMarker
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/microbiomeMarker/
软件包下载报告	下载数据