microbiomeMarker

DOI:10.18129 / B9.bioc.microbiomeMarker

这是发展microbiomemark版本;稳定版请参见microbiomeMarker

微生物组生物标志物分析工具包

Bioconductor版本:开发(3.16)

迄今为止,已经开发了许多基于宏基因组谱的微生物组标记发现方法,例如LEfSe。然而,所有这些方法都有自己的优点和缺点,没有一种被认为是标准的或通用的。此外,不同的程序或软件可能使用不同的编程语言开发,甚至在不同的操作系统中。在这里,我们开发了一个一体化的R包microbiomemark,它集成了常用的差分分析方法以及三种基于机器学习的方法,包括Logistic回归、随机森林和支持向量机,以促进微生物组标记物的识别。

作者:杨操[aut, cre]

维护人员:Yang Cao < Cao Yang .name at gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“microbiomeMarker”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("microbiomeMarker")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“microbiomeMarker”)

超文本标记语言 R脚本 微生物标记物鉴定工具
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文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpression宏基因组微生物组软件
版本 1.3.1
在Bioconductor BioC 3.14 (R-4.1)(0.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.1.0)
进口 dplyrphyloseqmagrittrpurrr质量跑龙套,ggplot2宠物猫rlang统计数据,硬币ggtreetidytree、方法、IRangestidyr拼接而成ggsignifmetagenomeSeqDESeq2刨边机BiocGenericsBiostringsyamlbiomformatS4VectorsBiobaseComplexHeatmapANCOMBC脱字符号limmaALDEx2plotROC素食主义者pROCBiocParallel
链接
建议 testthatcovrglmnet矩阵kernlabe1071管理员knitrrmarkdownBiocStylewithr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/yiluheihei/microbiomeMarker
BugReports https://github.com/yiluheihei/microbiomeMarker/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 microbiomeMarker_1.3.1.tar.gz
Windows二进制 microbiomeMarker_1.3.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/microbiomeMarker
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/microbiomeMarker
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/microbiomeMarker/
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