microbiomeExplorer

DOI:10.18129 / B9.bioc.microbiomeExplorer

这是发展microbiomeExplorer版本;稳定的发布版本,请参阅microbiomeExplorer。

微生物勘探应用

Bioconductor版本:发展(3.18)

MicrobiomeExplorer R包旨在促进调查标志基因功能的分析和可视化数据。它允许用户执行和可视化典型微生物分析工作流通过命令行或交互式的应用程序包含在包中。除了应用共同分析工作流应用程序支持自动分析报告生成。

作者:约瑟夫·保尔森(aut),怪不得我里德(aut (cre),莫黄(aut),基因泰克(cph,曾经)

维护人员:怪不得我里德< reederj1 gene.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“microbiomeExplorer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“microbiomeExplorer”)

HTML	R脚本	microbiomeExplorer
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类,聚类,DifferentialExpression,GeneticVariability,ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,MultipleComparison,归一化,测序,软件,可视化
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	magrittr闪亮的,metagenomeSeq,Biobase
进口	shinyjs (> = 2.0.0)、shinydashboard shinycssloaders, shinyWidgets, rmarkdown (> = 1.9.0),DESeq2,dplyr RColorBrewer tidyr、purrr rlang, knitr, readr, DT (> = 0.12.0),biomformat、工具、stringr素食,matrixStats热图,车,扫帚,limma,宠物猫reshape2 forcats lubridate,方法、情节(> = 4.9.1)
链接
建议	V8, testthat(> =魅惑
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	microbiomeExplorer_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	microbiomeExplorer_1.11.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/microbiomeExplorer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ microbiomeExplorer
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/microbiomeExplorer/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/microbiomeExplorer/
包下载报告	下载数据