微生物组

DOI:10.18129 / B9.bioc.microbiome

这是发展版本的微生物;稳定的发布版本,请参阅微生物组。

微生物分析

Bioconductor版本:发展(3.18)

公用事业进行微生物分析。

作者:狮子座拉赫蒂(aut (cre),苏达山谢蒂(aut)

维护人员:狮子座拉赫蒂<狮子座。拉赫蒂在iki.fi >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(微生物)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(微生物)

HTML	R脚本	微生物R包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	宏基因组,微生物组,测序,软件,SystemsBiology
版本	1.23.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	BSD_2_clause +文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0),phyloseq,ggplot2
进口	Biostrings、成分、dplyr reshape2 Rtsne,尺度,统计,宠物猫,tidyr,跑龙套,素食主义者
链接
建议	BiocGenerics,BiocStyle、开罗、knitr rmarkdown testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://microbiome.github.io/microbiome
BugReports	https://github.com/microbiome/microbiome/issues
取决于我
进口我
建议我	ANCOMBC
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	microbiome_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	microbiome_1.23.0.zip
macOS二进制(x86_64)	microbiome_1.23.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/microbiome
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/微生物
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/microbiome/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/microbiome/
包下载报告	下载数据