这是发展miaSim版本;稳定版请参见miaSim.
Bioconductor版本:开发(3.17)
应用广义Lotka-Volterra模型、自组织不稳定性(SOI)等模型进行微生物组时间序列模拟。利用哈贝尔中性模型来确定丰度矩阵。得到的丰度矩阵应用于(树)总结实验对象。
作者:Yagmur Simsek [cre, aut], Karoline Faust [aut], Yu Gao [aut], Emma Gheysen [aut], Daniel Rios Garza [aut], Tuomas Borman [aut],利奥·拉赫蒂[au]
维护者:Yagmur Simsek < Yagmur . Simsek。98在gmail.com>
引文(从R内,输入引用(“miaSim”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("miaSim")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“miaSim”)
超文本标记语言 | R脚本 | caseStudy1-SIS |
超文本标记语言 | R脚本 | caseStudy2-NutrientThreshold |
超文本标记语言 | R脚本 | caseStudy3-EnvironmentalComplexity |
超文本标记语言 | R脚本 | miaSim |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | ATACSeq,报道,DNASeq,微生物组,网络,测序,软件 |
版本 | 1.5.4 |
在Bioconductor | BioC 3.14 (R-4.1)(1.5年) |
许可证 | artist -2.0 |文件许可证 |
取决于 | TreeSummarizedExperiment |
进口 | SummarizedExperiment,deSolve统计数据,poweRlaw,MatrixGenerics,S4Vectors |
链接 | |
建议 | 猿,集群,dplyr,GGally,ggplot2,igraph,网络,reshape2,系统网络体系结构(sna),素食主义者,rmarkdown,knitr,BiocStyle,testthat,米娅,miaViz,colourvalues,philentropy |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/microbiome/miaSim |
BugReports | https://github.com/microbiome/miaSim/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | miaSim_1.5.4.tar.gz |
Windows二进制 | miaSim_1.5.4.zip |
macOS二进制文件(x86_64) | miaSim_1.5.4.tgz |
macOS二进制文件(arm64) | miaSim_1.5.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/miaSim |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/miaSim |
生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/miaSim/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/miaSim/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |