miaSim

DOI:10.18129 / B9.bioc.miaSim

这是发展miaSim版本;稳定版请参见miaSim

微生物组数据模拟

Bioconductor版本:开发(3.17)

应用广义Lotka-Volterra模型、自组织不稳定性(SOI)等模型进行微生物组时间序列模拟。利用哈贝尔中性模型来确定丰度矩阵。得到的丰度矩阵应用于(树)总结实验对象。

作者:Yagmur Simsek [cre, aut], Karoline Faust [aut], Yu Gao [aut], Emma Gheysen [aut], Daniel Rios Garza [aut], Tuomas Borman [aut],利奥·拉赫蒂[au]

维护者:Yagmur Simsek < Yagmur . Simsek。98在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“miaSim”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("miaSim")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“miaSim”)

超文本标记语言 R脚本 caseStudy1-SIS
超文本标记语言 R脚本 caseStudy2-NutrientThreshold
超文本标记语言 R脚本 caseStudy3-EnvironmentalComplexity
超文本标记语言 R脚本 miaSim
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews ATACSeq报道DNASeq微生物组网络测序软件
版本 1.5.4
在Bioconductor BioC 3.14 (R-4.1)(1.5年)
许可证 artist -2.0 |文件许可证
取决于 TreeSummarizedExperiment
进口 SummarizedExperimentdeSolve统计数据,poweRlawMatrixGenericsS4Vectors
链接
建议 集群dplyrGGallyggplot2igraph网络reshape2系统网络体系结构(sna)素食主义者rmarkdownknitrBiocStyletestthat米娅miaVizcolourvaluesphilentropy
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/microbiome/miaSim
BugReports https://github.com/microbiome/miaSim/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 miaSim_1.5.4.tar.gz
Windows二进制 miaSim_1.5.4.zip
macOS二进制文件(x86_64) miaSim_1.5.4.tgz
macOS二进制文件(arm64) miaSim_1.5.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/miaSim
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/miaSim
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/miaSim/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/miaSim/
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支持»

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网