miaSim

DOI:10.18129 / B9.bioc.miaSim

这是发展miaSim版本;稳定版请参见miaSim．

微生物组数据模拟

Bioconductor版本:开发(3.17)

应用广义Lotka-Volterra模型、自组织不稳定性(SOI)等模型进行微生物组时间序列模拟。利用哈贝尔中性模型来确定丰度矩阵。得到的丰度矩阵应用于(树)总结实验对象。

作者:Yagmur Simsek [cre, aut]， Karoline Faust [aut]， Yu Gao [aut]， Emma Gheysen [aut]， Daniel Rios Garza [aut]， Tuomas Borman [aut]，利奥·拉赫蒂[au]

维护者:Yagmur Simsek < Yagmur . Simsek。98在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("miaSim")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“miaSim”)

超文本标记语言	R脚本	caseStudy1-SIS
超文本标记语言	R脚本	caseStudy2-NutrientThreshold
超文本标记语言	R脚本	caseStudy3-EnvironmentalComplexity
超文本标记语言	R脚本	miaSim
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ATACSeq，报道，DNASeq，微生物组，网络，测序，软件
版本	1.5.4
在Bioconductor	BioC 3.14 (R-4.1)(1.5年)
许可证	artist -2.0 |文件许可证
取决于	TreeSummarizedExperiment
进口	SummarizedExperiment，deSolve统计数据,poweRlaw，MatrixGenerics，S4Vectors
链接
建议	猿，集群，dplyr，GGally，ggplot2，igraph，网络，reshape2，系统网络体系结构(sna)，素食主义者，rmarkdown，knitr，BiocStyle，testthat，米娅，miaViz，colourvalues，philentropy
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/microbiome/miaSim
BugReports	https://github.com/microbiome/miaSim/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	miaSim_1.5.4.tar.gz
Windows二进制	miaSim_1.5.4.zip
macOS二进制文件(x86_64)	miaSim_1.5.4.tgz
macOS二进制文件(arm64)	miaSim_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/miaSim
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/miaSim
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/miaSim/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/miaSim/
软件包下载报告	下载数据