米娅

DOI:10.18129 / B9.bioc.mia

这是发展米娅的版本;稳定的发布版本,请参阅米娅。

微生物分析

Bioconductor版本:发展(3.17)

米娅实现工具进行微生物分析基于SummarizedExperiment, SingleCellExperiment和TreeSummarizedExperiment基础设施。争吵和分析的分类数据是主要的范围。附加功能等常见的任务是实现社区指数计算和总结。

作者:Felix通用恩斯特(aut),苏达山a·谢蒂(aut),图博尔曼(aut (cre)Leo拉赫蒂(aut)杨、曹(施),内森·d·奥尔森(施),李维·沃尔德伦(施),马塞尔•拉莫斯(施),赫克托耳Corrada布拉沃(施),Jayaram Kancherla[所有],他Braccia(施)

维护人员:图博尔曼< tuomas.v。博尔曼在utu.fi >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(mia)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (mia)

HTML	R脚本	米娅
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,微生物组,软件
版本	1.7.4
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0 |文件许可证
取决于	R (> = 4.0),SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,TreeSummarizedExperiment(> = 1.99.3),MultiAssayExperiment
进口	方法、统计跑龙套,质量,猿,decontam,素食主义者,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,Biostrings,解读,BiocParallel,DelayedArray,DelayedMatrixStats,天窗,嘘,DirichletMultinomial,rlang,dplyr,宠物猫,tidyr
链接
建议	testthat,knitr,拼接而成,BiocStyle,yaml,phyloseq,dada2,stringr,biomformat,reldist,ade4,microbiomeDataSets,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/microbiome/mia
BugReports	https://github.com/microbiome/mia/issues
取决于我	miaViz
进口我	ANCOMBC,curatedMetagenomicData
建议我	CBEA,MicrobiomeBenchmarkData,philr
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	mia_1.7.4.tar.gz
Windows二进制	mia_1.7.4.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mia
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/米娅
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/mia/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mia/
包下载报告	下载数据