miRspongeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.miRspongeR

这是发展miRspongeR版本;稳定的发布版本,请参阅miRspongeR。

识别和分析microrna的海绵和模块交互网络

Bioconductor版本:发展(3.14)

这个包提供了一些函数来研究microrna的海绵(也称为龙头或microrna的诱饵),包括流行的方法识别microrna的海绵交互,和综合的方法来集成microrna的海绵交互从不同的方法,以及功能验证microrna的海绵交互,并推断microrna的海绵模块,进行浓缩分析模块,对模块进行生存分析。

作者:Junpeng张

维护人员:张Junpeng < zhangjunpeng_411 yahoo.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“miRspongeR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“miRspongeR”)

HTML	R脚本	miRspongeR:识别和分析的microrna的海绵和模块交互网络
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文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,GeneExpression,微阵列,NetworkEnrichment,软件,生存
版本	1.19.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	corpcor平行,igraph,制程,clusterProfiler,ReactomePA,剂量,生存grDevices,图形,统计数据,varhandle,linkcomm跑龙套,Rcpp,org.Hs.eg.db
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/zhangjunpeng411/miRspongeR/issues
取决于我
进口我	miRSM
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	miRspongeR_1.19.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)	miRspongeR_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/miRspongeR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ miRspongeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/miRspongeR/
包下载报告	下载数据