methylumi

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylumi

这是发展methylumi版本;稳定的发布版本请参见methylumi。

处理Illumina甲基化数据

生物导体版本:开发(3.13)

这个包提供了保存和操作Illumina甲基化数据的类。基于eSet，可以包含MIAME信息、样本信息、特征信息和多个数据矩阵。一个“智能”导入功能，methylumiR可以读取Illumina文本文件并创建一个MethyLumiSet。methylumIDAT可以直接从HumanMethylation27和HumanMethylation450微阵列读取原始的IDAT文件。归一化，背景校正，和质量控制功能的金门，Infinium，和Infinium高清阵列也包括在内。

作者:Sean Davis, Pan Du, Sven Bilke, Tim Triche, Jr.， Moiz Bootwalla

维护者:Sean Davis

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("methylumi")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“methylumi”)

PDF	R脚本	介绍甲基umi包装
PDF	R脚本	使用甲基umi与Illumina 450k阵列一起工作
PDF		参考手册
文本		自述

细节

biocViews	CpGIsland,DNAMethylation,预处理,质量控制,软件,TwoChannel
版本	2.37.0
Bioconductor自	BioC 2.5 (R-2.10)(11.5年)
许可证	GPL-2
取决于	Biobase， R (>= 2.13)，尺度,reshape2,ggplot2,matrixStats,FDb.InfiniumMethylation.hg19(> = 2.2.0),minfi
进口	BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,SummarizedExperiment,Biobase、图形、晶格,注释,genefilter,AnnotationDbi,minfistats4,illuminaio
链接
建议	光民,晶格,limma,xtable,SQN,质量,matrixStats平行,rtracklayer,Biostrings,methyAnalysis,TCGAMethylation450k,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,FDb.InfiniumMethylation.hg18(> = 2.2.0),Homo.sapiens,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/seandavi/methylumi/issues/new
取决于我	bigmelon,RnBeads,skewr,西瓜
进口我	ffpe,光民,methyAnalysis,missMethyl
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	methylumi_2.37.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	methylumi_2.37.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylumi
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methylumi
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylumi/
包下载报告	下载数据